Digitoday

Valikko

Suomalaissoftalla geenien saloihin

Poikkitieteellinen tutkijaryhmä Turun ja Jyväskylän yliopistoista uskoo ratkaisseensa biolääketieteelliseen ja moniulotteiseen kuvantamiseen liittyneen suurongelman kehittämällä uudentyyppisen tietokoneohjelmiston nimeltä BioImageXD.
Ongelmana on ollut se, että kuvantaminen tuottaa valtavia määriä digitaalista informaatiota, jonka käsittely edellyttää erikoistunutta tietokoneohjelmistoa. Tutkijoiden mukaan tarjolla olevat ohjelmistot ovat olleet aivan liian kalliita, toimineet puutteellisesti ja käsitelleet tietoa salaisilla laskentakaavoilla.

Kun ihmisen geenien kartoitustyö saatiin valmiiksi muutama vuosi sitten, alkoi biotieteissä uusi aikakausi. Nyt on selvitettävä, mitä kaikki geenit tekevät. Vain siten voidaan kehittää esimerkiksi tehokkaita hoitoja syöpiin tai uusia nanoteknologian sovelluksia, Jyväskylän yliopisto pohjustaa.

Geenejä ja molekyylejä on kyettävä havainnoimaan niiden luonnollisessa ympäristössä, ja elävien solujen kolmi- ja neliulotteinen kuvantaminen onkin noussut tärkeäksi tutkimusmenetelmäksi.

Ohjelmisto lennättää solun sisälle

BioImageXD on moniulotteisen kuvainformaation analysoimiseen ja visualisoimiseen tarkoitettu ohjelmisto, joka toimii kaikissa yleisimmissä käyttöjärjestelmissä ja jota kehutaan tarkaksi, käyttäjäystävälliseksi ja helposti laajennettavaksi.

Ohjelmiston avulla voidaan esimerkiksi laserskannausmikroskoopilla otetuista kuvista tuottaa elokuva, jossa seurataan viruksen tunkeutumista elävään soluun samalla, kun "lennetään" solun ympärillä ja sisällä. Voidaan myös saada tietokoneen varmistama tieto vaikkapa siitä, mihin kohteeseen solussa virus tunkeutuu.

Kuka tahansa voi ladata BioImageXD:n ilmaiseksi käyttöönsä ja parannella sitä, edellyttäen että jakaa muutoksensa edelleen muille käyttäjille. Periaate on siis sama kuin maailmanmaineeseen nousseen suomalaisen Linux-käyttöjärjestelmän kohdalla, joskin pienemmässä mittakaavassa.

Kovat odotukset

Tutkijaryhmä luottaa ohjelmistonsa päihittävän suuret kaupalliset kilpailijansa ja siten ratkaisemaan yhden nykyajan biolääketieteellisen tutkimuksen suurista ongelmista. BioImageXD:n ensimmäinen versio julkaistiin yleiseen levitykseen eilen.

Jyväskylän yliopiston mukaan suomalaistutkijoilla on nyt mahdollisuus saada tuotteensa maailmanlaajuiseen käyttöön ja aloittaa uusi Linuxin kaltainen "lumipalloefekti". Useat kotimaiset ja ulkomaiset yritykset ovat jo osoittaneet kiinnostuksensa ohjelmistoa kohtaan, näiden joukossa huippuoptiikan kansainvälinen yritys Zeiss.

Kommentit

    Näytä lisää

    Näitä luetaan!

    1. 1

      Sulhanen tuomittiin brittikirjailijan murhasta – kirjailija oli keksinyt itse ruumiin piilopaikan

    2. 2

      Lauri, 30, kertoo miksi pettää vaimoaan Tinder-naisten kanssa: ”En tunne minkäänlaista syyllisyyttä”

    3. 3

      Nämä kuitit kannattaa säästää – ”Silloin kuittien on löydyttävä”

    4. 4

      Yle: Suomalaissyntyinen Carolina taistelee väkivaltaa vastaan Tukholmassa – oma poika tapettiin kotiovelle

    5. 5

      Näitä tuotteita Suomen vaarallisimmat vangit himoitsevat selleihinsä Riihimäen vankilan omasta kaupasta

    6. 6

      Nuorten epäasiallinen tempaus rikkoi hiihtohissin Turussa – ”Tulee hemmetin kova puhuttelu”

    7. 7

      Julkkiksilta sataa tukea rumaksi haukutulle Maria Veitolalle – Rakel Liekiltä tyhjentävä kommentti

    8. 8

      Nasa: Tutkijat löysivät seitsemän Maan kaltaista planeettaa – kolmella suotuisat olosuhteet elämälle

    9. 9

      Katso parhaat kuvat – tällaiset olivat Lahden MM-avajaiset

    10. 10

      Aviopari etsii seuraa Tinderissä – kertoivat aamu-tv:ssä parinvaihdon olevan onnellisen liiton salaisuus: Somessa palautevyöry

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Julkkiksilta sataa tukea rumaksi haukutulle Maria Veitolalle – Rakel Liekiltä tyhjentävä kommentti

    2. 2

      Traaginen onnettomuus Helsingissä – työkoneen kauha osui kävelijään, nainen kuoli vammoihinsa

    3. 3

      Kummisetä antoi 10-vuotiaalle tyttärelle lahjarahaa – Kela rokotti koko perheeltä 341,52 euroa/kk

    4. 4

      Anu Saagim haukkui Maria Veitolaa rumaksi suorassa lähetyksessä – Veitola harmistui studioyleisön reaktiosta: ”Yleisö nauraa ja taputtaa”

    5. 5

      Patrik Laine varasti show’n Torontossa – 30 maalia täyteen

    6. 6

      Nämä kuitit kannattaa säästää – ”Silloin kuittien on löydyttävä”

    7. 7

      Video: Kajaanin hyppyrimäki räjähti näyttävästi

    8. 8

      Näitä tuotteita Suomen vaarallisimmat vangit himoitsevat selleihinsä Riihimäen vankilan omasta kaupasta

    9. 9

      Tv-tähden sekava käytös ihmetytti aamu-tv:ssä – oliko muoti-idoli humalassa? Syljeskeli ja selasi puhelintaan, somekansa äimistyi

    10. 10

      Kolmen lapsen yh-äidille annettiin tv-sarjassa 30 000 euroa – törsäsi lähes kaiken neljässä viikossa hajuvesiin ja vaatteisiin: ”Olen pettynyt”

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Julkkiksilta sataa tukea rumaksi haukutulle Maria Veitolalle – Rakel Liekiltä tyhjentävä kommentti

    2. 2

      MTV: Saara Aalto kärsii kiusallisesta ja kivuliaasta naistentaudista: ”Ei parannuskeinoa”

    3. 3

      Kummisetä antoi 10-vuotiaalle tyttärelle lahjarahaa – Kela rokotti koko perheeltä 341,52 euroa/kk

    4. 4

      Pekka Vähäsöyrinki tunnusti Mika Myllylän haudalla, milloin dopinginkäyttö alkoi: ”Siinä hetkessä annoin periksi”

    5. 5

      Traaginen onnettomuus Helsingissä – työkoneen kauha osui kävelijään, nainen kuoli vammoihinsa

    6. 6

      Stubb opetti Trumpille faktoja Ruotsista – viesti sytytti kiivaan keskustelun

    7. 7

      Kanadan hurmuriministeri sai Ivanka Trumpin pasmat sekaisin – flirttaileva kuva leviää vauhdilla

    8. 8

      Yleinen virhe wc-pöntöllä: Tästä syystä pyttyyn jää helposti ”jarrutusjäljet”

    9. 9

      Anu Saagim haukkui Maria Veitolaa rumaksi suorassa lähetyksessä – Veitola harmistui studioyleisön reaktiosta: ”Yleisö nauraa ja taputtaa”

    10. 10

      Nokialla pahoinpidelty 17-vuotias tyttö on kuollut

    11. Näytä lisää

    Näitä luetaan!

    1. 1

      Sulhanen tuomittiin brittikirjailijan murhasta – kirjailija oli keksinyt itse ruumiin piilopaikan

    2. 2

      Lauri, 30, kertoo miksi pettää vaimoaan Tinder-naisten kanssa: ”En tunne minkäänlaista syyllisyyttä”

    3. 3

      Nämä kuitit kannattaa säästää – ”Silloin kuittien on löydyttävä”

    4. 4

      Yle: Suomalaissyntyinen Carolina taistelee väkivaltaa vastaan Tukholmassa – oma poika tapettiin kotiovelle

    5. 5

      Näitä tuotteita Suomen vaarallisimmat vangit himoitsevat selleihinsä Riihimäen vankilan omasta kaupasta

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Julkkiksilta sataa tukea rumaksi haukutulle Maria Veitolalle – Rakel Liekiltä tyhjentävä kommentti

    2. 2

      Traaginen onnettomuus Helsingissä – työkoneen kauha osui kävelijään, nainen kuoli vammoihinsa

    3. 3

      Kummisetä antoi 10-vuotiaalle tyttärelle lahjarahaa – Kela rokotti koko perheeltä 341,52 euroa/kk

    4. 4

      Anu Saagim haukkui Maria Veitolaa rumaksi suorassa lähetyksessä – Veitola harmistui studioyleisön reaktiosta: ”Yleisö nauraa ja taputtaa”

    5. 5

      Patrik Laine varasti show’n Torontossa – 30 maalia täyteen

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Julkkiksilta sataa tukea rumaksi haukutulle Maria Veitolalle – Rakel Liekiltä tyhjentävä kommentti

    2. 2

      MTV: Saara Aalto kärsii kiusallisesta ja kivuliaasta naistentaudista: ”Ei parannuskeinoa”

    3. 3

      Kummisetä antoi 10-vuotiaalle tyttärelle lahjarahaa – Kela rokotti koko perheeltä 341,52 euroa/kk

    4. 4

      Pekka Vähäsöyrinki tunnusti Mika Myllylän haudalla, milloin dopinginkäyttö alkoi: ”Siinä hetkessä annoin periksi”

    5. 5

      Traaginen onnettomuus Helsingissä – työkoneen kauha osui kävelijään, nainen kuoli vammoihinsa

    6. Näytä lisää