Digitoday

Valikko

Suomalaissoftalla geenien saloihin

Poikkitieteellinen tutkijaryhmä Turun ja Jyväskylän yliopistoista uskoo ratkaisseensa biolääketieteelliseen ja moniulotteiseen kuvantamiseen liittyneen suurongelman kehittämällä uudentyyppisen tietokoneohjelmiston nimeltä BioImageXD.
Ongelmana on ollut se, että kuvantaminen tuottaa valtavia määriä digitaalista informaatiota, jonka käsittely edellyttää erikoistunutta tietokoneohjelmistoa. Tutkijoiden mukaan tarjolla olevat ohjelmistot ovat olleet aivan liian kalliita, toimineet puutteellisesti ja käsitelleet tietoa salaisilla laskentakaavoilla.

Kun ihmisen geenien kartoitustyö saatiin valmiiksi muutama vuosi sitten, alkoi biotieteissä uusi aikakausi. Nyt on selvitettävä, mitä kaikki geenit tekevät. Vain siten voidaan kehittää esimerkiksi tehokkaita hoitoja syöpiin tai uusia nanoteknologian sovelluksia, Jyväskylän yliopisto pohjustaa.

Geenejä ja molekyylejä on kyettävä havainnoimaan niiden luonnollisessa ympäristössä, ja elävien solujen kolmi- ja neliulotteinen kuvantaminen onkin noussut tärkeäksi tutkimusmenetelmäksi.

Ohjelmisto lennättää solun sisälle

BioImageXD on moniulotteisen kuvainformaation analysoimiseen ja visualisoimiseen tarkoitettu ohjelmisto, joka toimii kaikissa yleisimmissä käyttöjärjestelmissä ja jota kehutaan tarkaksi, käyttäjäystävälliseksi ja helposti laajennettavaksi.

Ohjelmiston avulla voidaan esimerkiksi laserskannausmikroskoopilla otetuista kuvista tuottaa elokuva, jossa seurataan viruksen tunkeutumista elävään soluun samalla, kun "lennetään" solun ympärillä ja sisällä. Voidaan myös saada tietokoneen varmistama tieto vaikkapa siitä, mihin kohteeseen solussa virus tunkeutuu.

Kuka tahansa voi ladata BioImageXD:n ilmaiseksi käyttöönsä ja parannella sitä, edellyttäen että jakaa muutoksensa edelleen muille käyttäjille. Periaate on siis sama kuin maailmanmaineeseen nousseen suomalaisen Linux-käyttöjärjestelmän kohdalla, joskin pienemmässä mittakaavassa.

Kovat odotukset

Tutkijaryhmä luottaa ohjelmistonsa päihittävän suuret kaupalliset kilpailijansa ja siten ratkaisemaan yhden nykyajan biolääketieteellisen tutkimuksen suurista ongelmista. BioImageXD:n ensimmäinen versio julkaistiin yleiseen levitykseen eilen.

Jyväskylän yliopiston mukaan suomalaistutkijoilla on nyt mahdollisuus saada tuotteensa maailmanlaajuiseen käyttöön ja aloittaa uusi Linuxin kaltainen "lumipalloefekti". Useat kotimaiset ja ulkomaiset yritykset ovat jo osoittaneet kiinnostuksensa ohjelmistoa kohtaan, näiden joukossa huippuoptiikan kansainvälinen yritys Zeiss.

Kommentit

    Näytä lisää

    Näitä luetaan!

    1. 1

      SM-liigavalmentaja poltti päreensä – maalivahti juoksi pukukoppiin kesken erän!

    2. 2

      Kruununprinsessa Victoria hurmasi Nobel-gaalassa upeassa juhlapuvussaan: ”Täydet viisi pistettä!”

    3. 3

      Suolistosyöpä yleistyy myös nuorilla – tunnista nämä 5 oiretta

    4. 4

      Vuosaaren turma-asunnon naapuri kertoo traagisesta yöstä ja palon tutkinnasta: Kiuas kiinnosti poliisia

    5. 5

      Holmström pokkasi Nobelinsa kuninkaalta – Patti Smith unohti seremoniassa laulun sanat

    6. 6

      Kaksoissurma Houtskarissa: Vartiolentolaivueen Super Puma -helikopteri vei poliisit tekopaikalle

    7. 7

      Guardianin tähtitoimittajalta IS:lle karu ennustus X Factor -finaalista: Näin Saara Aallon käy – yksi äänestäjäryhmä ratkaisee kaiken

    8. 8

      Kuningatar Silvia säihkyy Nobel-gaalassa muodikkaasti ”diskopallona” – kuin Jaana Pelkonen!

    9. 9

      Mitä turmahuoneiston saunassa tapahtui? 4 avointa kysymystä Vuosaaren tragediasta

    10. 10

      MM-välierällä todella dramaattinen loppu – Suomi finaaliin!

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Italialaisen mallikaunottaren, 42, härski alastonkuva kauhistuttaa faneja – pani isäpuolensa ja näyttelijä-äitinsä ikuistamaan itsensä jooga-asennossa

    2. 2

      Suolistosyöpä yleistyy myös nuorilla – tunnista nämä 5 oiretta

    3. 3

      Teloituksessa kammottava käänne Alabamassa – teloitettava avasi silmänsä ja haukkoi henkeään

    4. 4

      Kirje viipyi yli viikon postissa – Eero, 32, ei päässyt omaan ylennystilaisuuteensa

    5. 5

      Myrkyttääkö narsisti elämääsi? 7 varoitusmerkkiä

    6. 6

      Sisäpiirin paljastus: Saara Aallolle maksetaan Lontoossa kaikki, Meri-rakas ja ystävät sinnittelevät – ”Hyödynnämme tarjouksia”

    7. 7

      Ystävä petti legendaarisen Sergei Fedorovin – Venäjän supertähti menetti NHL:ssä tienaamansa miljoonat

    8. 8

      Mitä turmahuoneiston saunassa tapahtui? 4 avointa kysymystä Vuosaaren tragediasta

    9. 9

      Saara Aalto ja puoliso Meri saivat X Factor -tuotannolta harvinaisen poikkeusluvan – ”Ovat vanhempia kuin muut”

    10. 10

      Kuhmossa iso poliisioperaatio – partioita Oulun ja Itä-Suomen poliisista

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Poliisi IS:lle: Tällainen tausta Imatran epäillyllä 23-vuotiaalla kolmoismurhaajalla on

    2. 2

      Salkkarit-kaunotar rohkeassa kuvassa – rinnat paistavat läpi henkäyksen ohuesta asusta

    3. 3

      WhatsApp katoaa miljoonista puhelimista – katso, onko omasi listalla

    4. 4

      Hänellä oli Linnan juhlien rohkein iltapuku – IS:n lukijat äänestivät illan räväyttävimmän pukeutujan

    5. 5

      Robinin, 18, Linnan juhlat -asussa mukana yksityiskohta, joka jäi monilta huomaamatta – presidentiltä erityinen pyyntö kättelyjonossa

    6. 6

      Tuulenvire paljasti Donald Trumpin omituisen ”asumokan” – netti sekosi lentokentältä napatusta kuvasta

    7. 7

      Todelliset syyt, joiden vuoksi naiset voihkivat seksin aikana

    8. 8

      Raivostunut Matti Nykänen perui keikkansa Kanarialla – ravintola joutui maksumieheksi: ”V**ut minä mitään keikkaa vedä”

    9. 9

      Linnan jatkoilla nousi hässäkkä – Heikki Lampela ja Hanna Kärpänen sisään vahvassa juhlatunnelmassa: ”Haluan seikkailuja”

    10. 10

      Matti Vanhasen tyrmäävä naisystävä Heidi säväytti Linnassa – sahaperijättären mekko paljasti dekolteen

    11. Näytä lisää

    Näitä luetaan!

    1. 1

      SM-liigavalmentaja poltti päreensä – maalivahti juoksi pukukoppiin kesken erän!

    2. 2

      Kruununprinsessa Victoria hurmasi Nobel-gaalassa upeassa juhlapuvussaan: ”Täydet viisi pistettä!”

    3. 3

      Suolistosyöpä yleistyy myös nuorilla – tunnista nämä 5 oiretta

    4. 4

      Vuosaaren turma-asunnon naapuri kertoo traagisesta yöstä ja palon tutkinnasta: Kiuas kiinnosti poliisia

    5. 5

      Holmström pokkasi Nobelinsa kuninkaalta – Patti Smith unohti seremoniassa laulun sanat

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Italialaisen mallikaunottaren, 42, härski alastonkuva kauhistuttaa faneja – pani isäpuolensa ja näyttelijä-äitinsä ikuistamaan itsensä jooga-asennossa

    2. 2

      Suolistosyöpä yleistyy myös nuorilla – tunnista nämä 5 oiretta

    3. 3

      Teloituksessa kammottava käänne Alabamassa – teloitettava avasi silmänsä ja haukkoi henkeään

    4. 4

      Kirje viipyi yli viikon postissa – Eero, 32, ei päässyt omaan ylennystilaisuuteensa

    5. 5

      Myrkyttääkö narsisti elämääsi? 7 varoitusmerkkiä

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Poliisi IS:lle: Tällainen tausta Imatran epäillyllä 23-vuotiaalla kolmoismurhaajalla on

    2. 2

      Salkkarit-kaunotar rohkeassa kuvassa – rinnat paistavat läpi henkäyksen ohuesta asusta

    3. 3

      WhatsApp katoaa miljoonista puhelimista – katso, onko omasi listalla

    4. 4

      Hänellä oli Linnan juhlien rohkein iltapuku – IS:n lukijat äänestivät illan räväyttävimmän pukeutujan

    5. 5

      Robinin, 18, Linnan juhlat -asussa mukana yksityiskohta, joka jäi monilta huomaamatta – presidentiltä erityinen pyyntö kättelyjonossa

    6. Näytä lisää