Digitoday

Valikko

Kahden mantereen suurteholaskennat iskevät aidsia vastaan

Eurooppalainen suurteholaskennan infrastruktuuri DEISA ja GridAustralia ovat yhdistäneet infrastruktuurinsa ja testaavat yhteistyössä lääkeaineita ihmisen immuunikatoviruksen (HIV) mutaatioita vastaan.
Simulaatiot on hajautettu kummallekin mantereelle. CSC on yksi yhdestätoista eurooppalaisesta supertietokonekeskuksesta, jotka tarjoavat resursseja DEISA-infrastruktuurille.

Aidsiin on sairastunut yli 40 miljoonaa ihmistä maailmassa. Lääkeaineilla pystytään sitomaan kriittisiä virusentsyymejä ja laskemaan potilaan hiv-virusmäärää. Aidsia aiheuttava immuunikatovirus kykenee muuntumaan uuteen muotoon hyvin lyhyessä ajassa.

Syntynyt mutaatio on vastustuskykyinen hoidossa aiemmin käytetylle lääkitykselle. Oikea uusi vasta-aine on löydettävä nopeasti, jotta virus ei pysty kehittämään vastustuskykyä myös muihin lääkeaineisiin.

Michael Kuiper VPAC-tutkimuslaitoksesta kertoo, että simulaatiot on suunniteltu laskemaan lääkemolekyylin sitoutumisvuorovaikutusenergiat hiv-proteaasin aktiivisessa sitoutumiskohdassa. Kehitystyö on edelleen käynnissä ja tekniikan avulla pyritään määrittämään tarkat arviot antiviruslääkeaineiden tehokkuudesta erilaisia HIV-mutaatiokantoja vastaan.

Lääkeaineiden sitoutumisvuorovaikutuksia selvitettäessä lääkeaineen ja hiv-mutaatioentsyymin vuorovaikutuksesta tehdään molekyylidynaaminen simulaatio, jossa kartoitetaan lääkeaineen ja hiv-proteaasikannan vuorovaikutuksen keskimääräinen energia. Tarvitut suuret määrät laskutoimituksia sopivat hyvin hajautettuun laskentaan.

Ratkaisun löytämiseen kuluvaa aikaa voidaan merkittävästi lyhentää käyttämällä samaan aikaan useita supertietokoneita suurteholaskenta-gridissä. Laskemisessa on mahdollista hyödyntää useita erilaisia gridejä, jos riittävä yhteistoimintataso on saavutettu.

DEISA ja GridAustralia -infrastruktuurien väliohjelmistot eivät sovi nykyisissä versioissaan yhteen. DEISAlla on käytössä väliohjelmisto UNICORE 5 ja GridAustralialla Globus Tool Kit, mutta kumpikin infrastruktuuri hoitaa datasiirron GridFTP:n kautta, joka toimii kummassakin ohjelmistossa. Infrastruktuurien yhteistyön toimivuus todennettiin ensimmäistä kertaa SuperComputing 07 konferenssin (Reno, USA) yhteydessä tehdyissä mallitesteissä marraskuussa 2007.

Australian Research Group tarjosi syöttötiedot lääkesimulaatioita varten GridAustralian tallennuspalvelimelle. Työsarjat lähetettiin suoritettavaksi DEISAn ja GridAustralian järjestelmiin käyttöliittymän kautta (DEISAlla DESHL ja GridAustralialla Globus WS-Gram). Syöttötiedot siirtyvät automaattisesti GridFTP:n avulla työstä vastaavaan DEISAn tai GridAustralian suorituspaikkaan Euroopassa tai Australiassa.

Useissa simulaatioissa testataan Amprenavir-lääkeaineen vaikutuksia HIV-kantoihin. Liikeratadata on jälkikäsitelty mittaamaan energiavuorovaikutusta lääkeaineen sekä HIV-kantojen välillä. Simulaation tallennustulokset siirtyvät automaattisesti GridAustralian tallennuspalvelimelle. Tämä oli ensimmäinen kerta, kun australialaiset ja eurooppalaiset tekevät alalla yhteistyötä.

Kommentit

    Näytä lisää

    Näitä luetaan!

    1. 1

      Oaklandin tulipalossa kuolleen suomalaisen Hannan isä: ”Suru on ihan järjetön”

    2. 2

      Jonna Tervomaan nännikohu ja Ilkka Kanervan taintuminen – Linnan juhlien 5 erikoisinta hetkeä vuosien varrelta

    3. 3

      Kuvat ja video rajusta välikohtauksesta: Vastarintaliikkeen mielenosoittajaa lyötiin – poliisi taltutti hyökkääjän

    4. 4

      Pelaa Suomi-visaa: Vain suomalainen tietää vastauksen näihin 40 kysymykseen

    5. 5

      Suora lähetys juuri nyt – IS seuraa Linnan juhlia hetki hetkeltä: Presidenttipari vilkutti ylioppilaille

    6. 6

      Simon Cowell tukee Saara Aaltoa: ”Ulkomaalaisen voitto osoittaisi, että show ja yleisö ovat suvaitsevaisia”

    7. 7

      Töölöntorille kokoontunut reilut 200 ihmistä, ratsupoliisit saattoivat Vastarintaliikettä – IS seuraa hetki hetkeltä

    8. 8

      IS:n lukijat äänestivät: Hän on Linnan juhlien kaikkien aikojen kuningatar

    9. 9

      Linnaan menevä 95-vuotias sotaveteraani: Suomalaiset eivät osaa tehdä enää edes riukuaitaa

    10. 10

      Anni Sinnemäki sokeerasi t-paidassa, Hjallis talloi Leena Harkimon mekolle – Muistatko nämä kohut vuoden 2000 Linnan juhlista?

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Neljä jättihittiä! Tällainen oli Saara Aallon Senaatintorin show – vitsaili Suomen kylmästä säästä

    2. 2

      Thaimaan-lento yli 21 tuntia myöhässä – Huhut liikkuvat hermostuneiden matkustajien kesken

    3. 3

      Muistatko nämä? Linnan juhlien ikimuistoisimmat tyylit vuodesta 1960

    4. 4

      Saara Aalto esiintyy Senaatintorilla

    5. 5

      Salainen sähköposti Johaugista paljastui: Norjan hiihtoliiton työntekijät käskettiin hiljaiseksi

    6. 6

      Cheryl, 3, siepattiin uimarannalta 46 vuotta sitten – Australian poliisi uskoo tehneensä merkittävän läpimurron tapauksen tutkinnassa

    7. 7

      Brittimedia hehkuttaa Saara Aallon Helsingin-keikkaa: ”Eeppinen kotiinpaluu!”

    8. 8

      Juuso-karhun isäntä Sulo, 75, sai kutsun Linnan juhliin – näin hän kertoi asiasta karhulle

    9. 9

      Erja-vaimon reaktio Toni Vilanderin Ferrarin kyydissä on näkemisen arvoinen – ”Tän jälkeen sä et aja enää yhtään kisaa!”

    10. 10

      Kansanedustaja Sanna Marin, 31, astelee tyrmäävänä Linnaan – esittelee iltapukunsa upeissa kuvissa

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Poliisi IS:lle: Tällainen tausta Imatran epäillyllä 23-vuotiaalla kolmoismurhaajalla on

    2. 2

      WhatsApp katoaa miljoonista puhelimista – katso, onko omasi listalla

    3. 3

      7 yleisen syövän varhaiset varoitusmerkit – tunnista ajoissa

    4. 4

      Raakel Lignellin raju painonpudotus ja tiukka ruokavalio johtivat pysyviin terveysongelmiin: ”Riistäytyi vähän käsistä”

    5. 5

      Tuulenvire paljasti Donald Trumpin omituisen ”asumokan” – netti sekosi lentokentältä napatusta kuvasta

    6. 6

      Perhesyyt eivät painaneet? Mika Salolla teoria Nico Rosbergin lopettamisesta: ”Kukaan ei tajua sitä…”

    7. 7

      Todelliset syyt, joiden vuoksi naiset voihkivat seksin aikana

    8. 8

      Nainen teki ”pettämistestin” poikaystävälleen – lopputulos ei ilahduttanut, videolla jo 6 miljoonaa katselukertaa

    9. 9

      Aleksi Valavuori julkaisi matkakuvan Los Angelesista: maisemaotos paljastuikin Ikean sisustustauluksi – some repesi

    10. 10

      Eija, 32, huomasi vauvansa olevan erilainen – elämä muuttui pikkuhiljaa painajaiseksi

    11. Näytä lisää

    Näitä luetaan!

    1. 1

      Oaklandin tulipalossa kuolleen suomalaisen Hannan isä: ”Suru on ihan järjetön”

    2. 2

      Jonna Tervomaan nännikohu ja Ilkka Kanervan taintuminen – Linnan juhlien 5 erikoisinta hetkeä vuosien varrelta

    3. 3

      Kuvat ja video rajusta välikohtauksesta: Vastarintaliikkeen mielenosoittajaa lyötiin – poliisi taltutti hyökkääjän

    4. 4

      Pelaa Suomi-visaa: Vain suomalainen tietää vastauksen näihin 40 kysymykseen

    5. 5

      Suora lähetys juuri nyt – IS seuraa Linnan juhlia hetki hetkeltä: Presidenttipari vilkutti ylioppilaille

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Neljä jättihittiä! Tällainen oli Saara Aallon Senaatintorin show – vitsaili Suomen kylmästä säästä

    2. 2

      Thaimaan-lento yli 21 tuntia myöhässä – Huhut liikkuvat hermostuneiden matkustajien kesken

    3. 3

      Muistatko nämä? Linnan juhlien ikimuistoisimmat tyylit vuodesta 1960

    4. 4

      Saara Aalto esiintyy Senaatintorilla

    5. 5

      Salainen sähköposti Johaugista paljastui: Norjan hiihtoliiton työntekijät käskettiin hiljaiseksi

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Poliisi IS:lle: Tällainen tausta Imatran epäillyllä 23-vuotiaalla kolmoismurhaajalla on

    2. 2

      WhatsApp katoaa miljoonista puhelimista – katso, onko omasi listalla

    3. 3

      7 yleisen syövän varhaiset varoitusmerkit – tunnista ajoissa

    4. 4

      Raakel Lignellin raju painonpudotus ja tiukka ruokavalio johtivat pysyviin terveysongelmiin: ”Riistäytyi vähän käsistä”

    5. 5

      Tuulenvire paljasti Donald Trumpin omituisen ”asumokan” – netti sekosi lentokentältä napatusta kuvasta

    6. Näytä lisää