Digitoday

Valikko

Kahden mantereen suurteholaskennat iskevät aidsia vastaan

Eurooppalainen suurteholaskennan infrastruktuuri DEISA ja GridAustralia ovat yhdistäneet infrastruktuurinsa ja testaavat yhteistyössä lääkeaineita ihmisen immuunikatoviruksen (HIV) mutaatioita vastaan.
Simulaatiot on hajautettu kummallekin mantereelle. CSC on yksi yhdestätoista eurooppalaisesta supertietokonekeskuksesta, jotka tarjoavat resursseja DEISA-infrastruktuurille.

Aidsiin on sairastunut yli 40 miljoonaa ihmistä maailmassa. Lääkeaineilla pystytään sitomaan kriittisiä virusentsyymejä ja laskemaan potilaan hiv-virusmäärää. Aidsia aiheuttava immuunikatovirus kykenee muuntumaan uuteen muotoon hyvin lyhyessä ajassa.

Syntynyt mutaatio on vastustuskykyinen hoidossa aiemmin käytetylle lääkitykselle. Oikea uusi vasta-aine on löydettävä nopeasti, jotta virus ei pysty kehittämään vastustuskykyä myös muihin lääkeaineisiin.

Michael Kuiper VPAC-tutkimuslaitoksesta kertoo, että simulaatiot on suunniteltu laskemaan lääkemolekyylin sitoutumisvuorovaikutusenergiat hiv-proteaasin aktiivisessa sitoutumiskohdassa. Kehitystyö on edelleen käynnissä ja tekniikan avulla pyritään määrittämään tarkat arviot antiviruslääkeaineiden tehokkuudesta erilaisia HIV-mutaatiokantoja vastaan.

Lääkeaineiden sitoutumisvuorovaikutuksia selvitettäessä lääkeaineen ja hiv-mutaatioentsyymin vuorovaikutuksesta tehdään molekyylidynaaminen simulaatio, jossa kartoitetaan lääkeaineen ja hiv-proteaasikannan vuorovaikutuksen keskimääräinen energia. Tarvitut suuret määrät laskutoimituksia sopivat hyvin hajautettuun laskentaan.

Ratkaisun löytämiseen kuluvaa aikaa voidaan merkittävästi lyhentää käyttämällä samaan aikaan useita supertietokoneita suurteholaskenta-gridissä. Laskemisessa on mahdollista hyödyntää useita erilaisia gridejä, jos riittävä yhteistoimintataso on saavutettu.

DEISA ja GridAustralia -infrastruktuurien väliohjelmistot eivät sovi nykyisissä versioissaan yhteen. DEISAlla on käytössä väliohjelmisto UNICORE 5 ja GridAustralialla Globus Tool Kit, mutta kumpikin infrastruktuuri hoitaa datasiirron GridFTP:n kautta, joka toimii kummassakin ohjelmistossa. Infrastruktuurien yhteistyön toimivuus todennettiin ensimmäistä kertaa SuperComputing 07 konferenssin (Reno, USA) yhteydessä tehdyissä mallitesteissä marraskuussa 2007.

Australian Research Group tarjosi syöttötiedot lääkesimulaatioita varten GridAustralian tallennuspalvelimelle. Työsarjat lähetettiin suoritettavaksi DEISAn ja GridAustralian järjestelmiin käyttöliittymän kautta (DEISAlla DESHL ja GridAustralialla Globus WS-Gram). Syöttötiedot siirtyvät automaattisesti GridFTP:n avulla työstä vastaavaan DEISAn tai GridAustralian suorituspaikkaan Euroopassa tai Australiassa.

Useissa simulaatioissa testataan Amprenavir-lääkeaineen vaikutuksia HIV-kantoihin. Liikeratadata on jälkikäsitelty mittaamaan energiavuorovaikutusta lääkeaineen sekä HIV-kantojen välillä. Simulaation tallennustulokset siirtyvät automaattisesti GridAustralian tallennuspalvelimelle. Tämä oli ensimmäinen kerta, kun australialaiset ja eurooppalaiset tekevät alalla yhteistyötä.

Kommentit

    Näytä lisää

    Näitä luetaan!

    1. 1

      Playboyssakin poseerannut ensimmäinen somekaunotar Christine Dolce on kuollut vain 35-vuotiaana

    2. 2

      Cheekiltä odottamaton sukupaljastus suorassa lähetyksessä – ”Wikipediaan voisi lisätä”

    3. 3

      Viisuvoittaja Loreenin räväkkä esitys varasti huomion – rinta lipui ulos topista: ”Miksi naiset eivät saisi olla puolialastomana?”

    4. 4

      Vantaalainen Marja, 68, ihmeissään: Auton tuulilasiin ilmestyi mystinen lappu parkkifirmalta – 3 viikon takaisesta pysäköinnistä

    5. 5

      Valkoinen talo eväsi useilta tiedotusvälineiltä pääsyn tiedotustilaisuuteen

    6. 6

      Tarkista ja kuuntele: Mikä oli Suomen listaykkösenä, kun sinä synnyit?

    7. 7

      Jannan raskaus päättyi kaksi vuotta sitten suunnattomaan suruun – julkaisi liikuttavan kuvan: ”Sanoin äidilleni, että vauva ei liiku”

    8. 8

      Naisen salikuva sekoitti internetin – ovatko kaunottaren jalat todella nurinpäin vai huomaatko heti mistä on kyse?

    9. 9

      Ihmiset sekosivat Kanadan hurmuriministerin tiukoista housuista – kuvat pääministerin treenatusta takamuksesta leviävät vauhdilla

    10. 10

      Lennun voittokulku Yhdysvalloissa jatkuu: Jimmy Fallon matki Niinistön koiran legendaarista virnistystä, yleisö villiintyi

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Helsinkiläinen Nina, 44, avautuu isäpuolen järkyttävistä teoista: ”Äiti katseli vierestä, mutta ei koskaan puuttunut”

    2. 2

      Hyvinkään poliisiasemalle saapui ahdistunut aviomies – elintasokulissin takaa alkoi paljastua karu totuus

    3. 3

      Tarkista ja kuuntele: Mikä oli Suomen listaykkösenä, kun sinä synnyit?

    4. 4

      Pariskunta ei arvannut, mihin lähti paritalon puolikkaan ostaessaan – piina vei oikeuteen seitsemän kertaa

    5. 5

      Onko tässä totuus Mäkäräisen poisjäännistä Lahden MM-kisoista? ”Kaikki, mitä Otepäässä tulkitsin Reijon olemuksesta ja puheista, viittasi siihen”

    6. 6

      ”Inhoan tätä elämää, voisinpa vain antaa lapset pois”

    7. 7

      Katri Sorsalta kuitti Anu Saagimille: ”Eestissä nainen näyttää herättyään tältä, meillä Suomessa tältä...”

    8. 8

      Hengenvaarallinen villitys leviää nuorten keskuudessa ja herättää huolta: ”Halikuva muuttuu nopeasti tragediaksi”

    9. 9

      Iso onnettomuus pysäytti Nelostien – rekat poikittain tiellä, mukana myös henkilöautoja

    10. 10

      Cheekiltä odottamaton sukupaljastus suorassa lähetyksessä – ”Wikipediaan voisi lisätä”

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Julkkiksilta sataa tukea rumaksi haukutulle Maria Veitolalle – Rakel Liekiltä tyhjentävä kommentti

    2. 2

      Kummisetä antoi 10-vuotiaalle tyttärelle lahjarahaa – Kela rokotti koko perheeltä 341,52 euroa/kk

    3. 3

      Pekka Vähäsöyrinki tunnusti Mika Myllylän haudalla, milloin dopinginkäyttö alkoi: ”Siinä hetkessä annoin periksi”

    4. 4

      Helsinkiläinen Nina, 44, avautuu isäpuolen järkyttävistä teoista: ”Äiti katseli vierestä, mutta ei koskaan puuttunut”

    5. 5

      Traaginen onnettomuus Helsingissä – työkoneen kauha osui kävelijään, nainen kuoli vammoihinsa

    6. 6

      Stubb opetti Trumpille faktoja Ruotsista – viesti sytytti kiivaan keskustelun

    7. 7

      Yleinen virhe wc-pöntöllä: Tästä syystä pyttyyn jää helposti ”jarrutusjäljet”

    8. 8

      Anu Saagim haukkui Maria Veitolaa rumaksi suorassa lähetyksessä – Veitola harmistui studioyleisön reaktiosta: ”Yleisö nauraa ja taputtaa”

    9. 9

      Nokialla pahoinpidelty 17-vuotias tyttö on kuollut

    10. 10

      Donald Trumpilta outo viittaus Ruotsiin: ”Katsokaa, mitä tapahtui eilen illalla Ruotsissa – kuka olisi uskonut?”

    11. Näytä lisää

    Näitä luetaan!

    1. 1

      Playboyssakin poseerannut ensimmäinen somekaunotar Christine Dolce on kuollut vain 35-vuotiaana

    2. 2

      Cheekiltä odottamaton sukupaljastus suorassa lähetyksessä – ”Wikipediaan voisi lisätä”

    3. 3

      Viisuvoittaja Loreenin räväkkä esitys varasti huomion – rinta lipui ulos topista: ”Miksi naiset eivät saisi olla puolialastomana?”

    4. 4

      Vantaalainen Marja, 68, ihmeissään: Auton tuulilasiin ilmestyi mystinen lappu parkkifirmalta – 3 viikon takaisesta pysäköinnistä

    5. 5

      Valkoinen talo eväsi useilta tiedotusvälineiltä pääsyn tiedotustilaisuuteen

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Helsinkiläinen Nina, 44, avautuu isäpuolen järkyttävistä teoista: ”Äiti katseli vierestä, mutta ei koskaan puuttunut”

    2. 2

      Hyvinkään poliisiasemalle saapui ahdistunut aviomies – elintasokulissin takaa alkoi paljastua karu totuus

    3. 3

      Tarkista ja kuuntele: Mikä oli Suomen listaykkösenä, kun sinä synnyit?

    4. 4

      Pariskunta ei arvannut, mihin lähti paritalon puolikkaan ostaessaan – piina vei oikeuteen seitsemän kertaa

    5. 5

      Onko tässä totuus Mäkäräisen poisjäännistä Lahden MM-kisoista? ”Kaikki, mitä Otepäässä tulkitsin Reijon olemuksesta ja puheista, viittasi siihen”

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Julkkiksilta sataa tukea rumaksi haukutulle Maria Veitolalle – Rakel Liekiltä tyhjentävä kommentti

    2. 2

      Kummisetä antoi 10-vuotiaalle tyttärelle lahjarahaa – Kela rokotti koko perheeltä 341,52 euroa/kk

    3. 3

      Pekka Vähäsöyrinki tunnusti Mika Myllylän haudalla, milloin dopinginkäyttö alkoi: ”Siinä hetkessä annoin periksi”

    4. 4

      Helsinkiläinen Nina, 44, avautuu isäpuolen järkyttävistä teoista: ”Äiti katseli vierestä, mutta ei koskaan puuttunut”

    5. 5

      Traaginen onnettomuus Helsingissä – työkoneen kauha osui kävelijään, nainen kuoli vammoihinsa

    6. Näytä lisää