Digitoday

Valikko

Kahden mantereen suurteholaskennat iskevät aidsia vastaan

Eurooppalainen suurteholaskennan infrastruktuuri DEISA ja GridAustralia ovat yhdistäneet infrastruktuurinsa ja testaavat yhteistyössä lääkeaineita ihmisen immuunikatoviruksen (HIV) mutaatioita vastaan.
Simulaatiot on hajautettu kummallekin mantereelle. CSC on yksi yhdestätoista eurooppalaisesta supertietokonekeskuksesta, jotka tarjoavat resursseja DEISA-infrastruktuurille.

Aidsiin on sairastunut yli 40 miljoonaa ihmistä maailmassa. Lääkeaineilla pystytään sitomaan kriittisiä virusentsyymejä ja laskemaan potilaan hiv-virusmäärää. Aidsia aiheuttava immuunikatovirus kykenee muuntumaan uuteen muotoon hyvin lyhyessä ajassa.

Syntynyt mutaatio on vastustuskykyinen hoidossa aiemmin käytetylle lääkitykselle. Oikea uusi vasta-aine on löydettävä nopeasti, jotta virus ei pysty kehittämään vastustuskykyä myös muihin lääkeaineisiin.

Michael Kuiper VPAC-tutkimuslaitoksesta kertoo, että simulaatiot on suunniteltu laskemaan lääkemolekyylin sitoutumisvuorovaikutusenergiat hiv-proteaasin aktiivisessa sitoutumiskohdassa. Kehitystyö on edelleen käynnissä ja tekniikan avulla pyritään määrittämään tarkat arviot antiviruslääkeaineiden tehokkuudesta erilaisia HIV-mutaatiokantoja vastaan.

Lääkeaineiden sitoutumisvuorovaikutuksia selvitettäessä lääkeaineen ja hiv-mutaatioentsyymin vuorovaikutuksesta tehdään molekyylidynaaminen simulaatio, jossa kartoitetaan lääkeaineen ja hiv-proteaasikannan vuorovaikutuksen keskimääräinen energia. Tarvitut suuret määrät laskutoimituksia sopivat hyvin hajautettuun laskentaan.

Ratkaisun löytämiseen kuluvaa aikaa voidaan merkittävästi lyhentää käyttämällä samaan aikaan useita supertietokoneita suurteholaskenta-gridissä. Laskemisessa on mahdollista hyödyntää useita erilaisia gridejä, jos riittävä yhteistoimintataso on saavutettu.

DEISA ja GridAustralia -infrastruktuurien väliohjelmistot eivät sovi nykyisissä versioissaan yhteen. DEISAlla on käytössä väliohjelmisto UNICORE 5 ja GridAustralialla Globus Tool Kit, mutta kumpikin infrastruktuuri hoitaa datasiirron GridFTP:n kautta, joka toimii kummassakin ohjelmistossa. Infrastruktuurien yhteistyön toimivuus todennettiin ensimmäistä kertaa SuperComputing 07 konferenssin (Reno, USA) yhteydessä tehdyissä mallitesteissä marraskuussa 2007.

Australian Research Group tarjosi syöttötiedot lääkesimulaatioita varten GridAustralian tallennuspalvelimelle. Työsarjat lähetettiin suoritettavaksi DEISAn ja GridAustralian järjestelmiin käyttöliittymän kautta (DEISAlla DESHL ja GridAustralialla Globus WS-Gram). Syöttötiedot siirtyvät automaattisesti GridFTP:n avulla työstä vastaavaan DEISAn tai GridAustralian suorituspaikkaan Euroopassa tai Australiassa.

Useissa simulaatioissa testataan Amprenavir-lääkeaineen vaikutuksia HIV-kantoihin. Liikeratadata on jälkikäsitelty mittaamaan energiavuorovaikutusta lääkeaineen sekä HIV-kantojen välillä. Simulaation tallennustulokset siirtyvät automaattisesti GridAustralian tallennuspalvelimelle. Tämä oli ensimmäinen kerta, kun australialaiset ja eurooppalaiset tekevät alalla yhteistyötä.

Kommentit

    Näytä lisää

    Näitä luetaan!

    1. 1

      Poliisi IS:lle: Näin sarjahukuttaja jäi kiinni – ”Hänellä oli itsellään tiedossa...”

    2. 2

      Poliisi sai sarjahukuttajan kiinni Joensuussa

    3. 3

      Intiimi hetki sian kanssa – Oulun poliisi otti oudon miehen kiinni ojasta

    4. 4

      Valtava jäävuori uhkaa irrota Etelämantereelta – kauhuskenaariona maailmanlaajuiset seuraukset

    5. 5

      ”Elämme pimeitä aikoja” – Suomalaiset päättäjät huolestuivat Trumpin puheesta sosiaalisessa mediassa

    6. 6

      George W. Bushin taistelu kertakäyttösadetakin kanssa varasti huomion Trumpin virkaanastujaisissa – internet sekosi kuvasarjasta

    7. 7

      Playboy, veneturman uhri, raikuliprinssi – Caroline on traagisten avioliittojen jälkeen onnellinen mummi

    8. 8

      Trump-vastainen Naisten marssi valtaa Washingtonin – luvassa jopa isompi tapahtuma kuin virkaanastujaiset

    9. 9

      Sarjahukuttaja oli palkittu karjatilallinen – sitten tapahtui jotakin

    10. 10

      Asianajaja kuuli sarjahukuttajan kiinniotosta rouvaltaan

    11. Näytä lisää
    1. 1

      IS seurasi hetki hetkeltä: Trumpin ensimmäinen päivä presidenttinä huipentui tanssiaisiin

    2. 2

      6 yleistä virhettä, jotka sinäkin luultavasti teet joka kerta suihkussa

    3. 3

      Mikä kaunotar! Ivanka Trump, 35, käänsi katseet vaaleanpunaisessa prinsessapuvussaan

    4. 4

      Uimapukumalli Chrissy Teigen jakoi rehellisen kuvan reisistään – miehet hämmentyivät: ”Olen katsonut tätä jo minuutin, ja...”

    5. 5

      Kiusallinen sekaannus Melania Trumpin ja Michelle Obaman välillä – presidenttiparit pyörivät Valkoisen talon portailla hämmentyneinä

    6. 6

      Kumppaniaan pettänyt listaa: ”Olisinpa tiennyt nämä asiat ennen kuin petin”

    7. 7

      Sarjahukuttajan puhelin hälyttää, mutta missä? Poliisin paikannusyritys jäi tuloksettomaksi

    8. 8

      Tappolistat, agentit, vakoilusatelliitit... 8 salaisuutta, jotka Donald Trump saa tietää virkaan astuttuaan

    9. 9

      Valtava jäävuori uhkaa irrota Etelämantereelta – kauhuskenaariona maailmanlaajuiset seuraukset

    10. 10

      Psykologi lataa: ADHD-tyyppisistä oireista suuri osa johtuu vanhemmuuden puutteesta

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Juo aamulla vettä tyhjään vatsaan – 8 mahtavaa vaikutusta

    2. 2

      Häikäisevän kaunis morsian! Mika Häkkinen ja Marketa pääsivät poroajelun kyytiin – suloiset lapset mukana

    3. 3

      Mikan ja Marketan rakkaustarina – saksalaislehti paljasti kaunottaren menneisyyden

    4. 4

      Perhe etsii vastausta kammottavaan kuvaan – mitä tai mikä ilmestyi yhtäkkiä yöllä kotipihalla otettuun valokuvaan?

    5. 5

      Serbian seksikkäin laulaja Milica, 25, purskahti korsetistaan ulos kesken keikan – yleisö villiintyi

    6. 6

      Nainen synnytti salaa vessassa – raskaudesta tietämättömät vanhemmat havahtuivat pamaukseen

    7. 7

      Kolme povekasta blondia: Natalie, 45, sekoitetaan jatkuvasti tyttäriinsä – erotatko kuvista kuka on äiti?

    8. 8

      Yksi kuoli rekan pudottua moottoritieltä Lohjalla – erikoinen tapahtumaketju johti karmeaan turmaan

    9. 9

      Dramaattiset kuvat: Myrskypuuska romahdutti rakenteilla olleen, yli 100-neliöisen talon maan tasalle Kuopiossa

    10. 10

      Floridan poliisi julkaisi mykistävän videon rämeeltä – ”Kuka sanoi, että dinosaurukset ovat kuolleet sukupuuttoon?”

    11. Näytä lisää

    Näitä luetaan!

    1. 1

      Poliisi IS:lle: Näin sarjahukuttaja jäi kiinni – ”Hänellä oli itsellään tiedossa...”

    2. 2

      Poliisi sai sarjahukuttajan kiinni Joensuussa

    3. 3

      Intiimi hetki sian kanssa – Oulun poliisi otti oudon miehen kiinni ojasta

    4. 4

      Valtava jäävuori uhkaa irrota Etelämantereelta – kauhuskenaariona maailmanlaajuiset seuraukset

    5. 5

      ”Elämme pimeitä aikoja” – Suomalaiset päättäjät huolestuivat Trumpin puheesta sosiaalisessa mediassa

    6. Näytä lisää
    1. 1

      IS seurasi hetki hetkeltä: Trumpin ensimmäinen päivä presidenttinä huipentui tanssiaisiin

    2. 2

      6 yleistä virhettä, jotka sinäkin luultavasti teet joka kerta suihkussa

    3. 3

      Mikä kaunotar! Ivanka Trump, 35, käänsi katseet vaaleanpunaisessa prinsessapuvussaan

    4. 4

      Uimapukumalli Chrissy Teigen jakoi rehellisen kuvan reisistään – miehet hämmentyivät: ”Olen katsonut tätä jo minuutin, ja...”

    5. 5

      Kiusallinen sekaannus Melania Trumpin ja Michelle Obaman välillä – presidenttiparit pyörivät Valkoisen talon portailla hämmentyneinä

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Juo aamulla vettä tyhjään vatsaan – 8 mahtavaa vaikutusta

    2. 2

      Häikäisevän kaunis morsian! Mika Häkkinen ja Marketa pääsivät poroajelun kyytiin – suloiset lapset mukana

    3. 3

      Mikan ja Marketan rakkaustarina – saksalaislehti paljasti kaunottaren menneisyyden

    4. 4

      Perhe etsii vastausta kammottavaan kuvaan – mitä tai mikä ilmestyi yhtäkkiä yöllä kotipihalla otettuun valokuvaan?

    5. 5

      Serbian seksikkäin laulaja Milica, 25, purskahti korsetistaan ulos kesken keikan – yleisö villiintyi

    6. Näytä lisää