Digitoday

Valikko

Väitöstutkimuksesta apuja biolääketieteen tekstien louhinnan kehittämiseen

Biolääketieteellisen tekstin louhintaa käsittelevä väitöskirjatutkimus synnytti uusia louhinnan menetelmiä mahdollistavan tekstikokoelmaresurssin, jota on käytetty jo usean kansainvälisen tutkimusyhteisön työssä.
FM Sampo Pyysalon väitöstyössä on arvioitu ja kehitetty menetelmiä ja resursseja tiedon louhintaan biolääketieteellisistä julkaisuista käyttäen luonnollisen kielen jäsentämisen ja koneoppimisen menetelmiä.

Elämän mahdollistavat biologiset prosessit muodostavat monimutkaisimmat tuntemistamme järjestelmistä: esimerkiksi ihmisen yli 20.000 geenin tuottamien proteiinien välillä on satoja tuhansia vuorovaikutussuhteita.

PubMed: 20 miljoonaa artikkelia
- ja kasvaa 2000:lla päivässä

Näiden järjestelmien ymmärtäminen on yksi nykybiologian keskeisistä haasteista, mutta aihetta käsittelevien tieteellisten artikkelien määrä tekee tiedon koostamisen ihmisvoimin mahdottomaksi: biolääketieteen keskeinen kirjallisuustietokanta PubMed käsittää lähes 20 miljoonaa artikkelia ja kasvaa päivittäin lähes kahdella tuhannella uudella julkaisulla.

Viimeisen vuosikymmenen aikana tähän informaatiotulvaan on pyritty vastaamaan automatisoimalla biolääketieteellisten artikkelien lukeminen ja "ymmärtäminen".

Näiden pääosin sanomalehtitekstille kehitettyjen menetelmien soveltaminen biolääketieteellisen tekstin käsittelyyn mahdollistaa merkittävästi aikaisempaa tehokkaamman tavan käsitellä alan tieteellisiä julkaisuja ja voi mullistaa mm. proteiinien välisiä suhteita käsittelevän tiedon koostamisen.

Näin voidaan edistää biologisten järjestelmien ymmärtämistä ja tarjota uusia mahdollisuuksia mm. lääkekehitystyölle.

Lauseiden rakenteen automaattisesti tunnistavat ohjelmat, jäsentimet, ovat keskeinen työkalu tekstin automaattisessa käsittelyssä.

Kehitetty resurssi mahdollistaa
menetelmien vertailun

Pyysalon työssä on tutkittu usean suositun jäsentimen toimivuutta ja tunnistettu ongelma-alueita uutistekstille kehitettyjen menetelmien soveltuvuudessa bioalan julkaisuille.  

Vastauksena alan erikoissanaston haasteisiin tutkimuksessa toteutettiin ja arvioitiin automaattisia jäsentimien sanaston laajennusmenetelmiä, joiden osoitettiin mahdollistavan merkittävästi tarkempi ja tehokkaampi biologisen tieteellisen tekstin jäsentäminen.

Jäsentämisen lisäksi tutkimustyössä on ollut merkittävässä asemassa biolääketieteellisen tekstin louhinnan mahdollistavien resurssien kehittäminen.

Kohteena olevan alan tekstien kokoelma johon on merkitty lauseiden rakenne sekä louhinnan kohteena oleva tieto on edellytys menetelmien arvioimiselle ja kehittämiselle sekä koneoppimiseen perustuvien menetelmien käytölle.  

Osana tutkimusta Turun Yliopiston bioinformatiikan laboratoriossa kehitettiin tällainen tekstikokoelma, jonka keskeisenä merkinnän kohteena ovat tekstien sisältämät proteiinien välisiä suhteita koskevat väitteet.

Tämän noin 15 työkuukauden tekstin merkintätyön tuloksena syntynyt resurssi, BioInfer, on vapaasti saatavilla. Tämä mahdollistaa eri projekteissa kehitettyjen menetelmien vertailtavuuden.  

Osana Pyysalon tutkimusta tehty saatavilla olevien alan tekstikokoelmien vertailu osoittaa että kehitetty kokoelma on tekstin louhintaa tukevien merkintöjensä tarkkuudessa ainutlaatuinen, ja kokoelma on ollut käytössä jo useassa biolääketieteellisen tekstin louhinnan kansainvälisen tutkimusyhteisön työssä.

Sampo Pyysalon väitöskirja "A Dependency Parsing Approach to Biomedical Text Mining"  (Biolääketieteellisen tekstin louhinta riippuvuuskielioppien avulla) esitetään tarkastettavaksi Turun ICT-talolla lauantaina 6. syyskuuta. Virallisena vastaväittäjänä toimii professori Jun'ichi Tsujii Tokion yliopistosta ja kustoksena professori Tapio Salakoski.

Kommentit

    Näytä lisää

    Näitä luetaan!

    1. 1

      Rakastunut Olli Lindholm kertoo ensi kertaa: Tällainen on uusi naisystävä Eveliina, 35: ”En ole koskaan tavannut hänen kaltaistaan”

    2. 2

      Hurjat rakkauskilot: Vaimo jättää Askon WhatsApp-viestillä yhtäkkiä: ”Miksei soittanut ja kysynyt, voidaanko nähdä?”

    3. 3

      Tyttöystävänsä kuolemasta epäilty nuorukainen sai ensimmäisen rikostuomionsa jo 15-vuotiaana – pahoinpiteli tyttöjä Nokialla uutenavuotena

    4. 4

      Cheyenne Järvisen rohkea topless-kuva poistettiin Instagramista – kohukaunotar tuohtui ja julkaisi sen uudelleen

    5. 5

      Emmerdalesta tuttu näyttelijä kihlautui Britannian väkivaltaisimman ja vaarallisimman vangin kanssa: ”Olen rakastunut häneen”

    6. 6

      Etelään luvassa jopa 10 senttiä lunta – Meteorologi: ”Talvinen viikko näköpiirissä”

    7. 7

      Sastamalan kuolonkolari: Näin 34-vuotias mies ajoi ennen törmäystä 17-vuotiaisiin nuoriin – katso animaatio

    8. 8

      Uusi eläkemuoto houkuttelee työttömiä – hetken helpotus voi kostautua

    9. 9

      Melrose Placesta tuttu Lisa Rinna, 53, julkaisi uskaliaan alastonkuvan – ”Naisvartalo on niin kaunis”

    10. 10

      Huippukokin pari niksiä: Näin syntyy fantastinen makaronilaatikko

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Nokialla pahoinpidelty 17-vuotias tyttö on kuollut

    2. 2

      Poliisi Sastamalan kaksoissurmasta: Tekoa edelsi perheriita

    3. 3

      Donald Trumpin Tiffany-tytär, 23, nolattiin muotitapahtumassa – kukaan ei halunnut istua vieressä: ”Ihmiset pakenivat”

    4. 4

      194-senttisen suomalaisen teinitytön temppu hätkäytti NBA-leirillä – valmentaja: ”Häntä yritetään repiä joka paikkaan”

    5. 5

      Sastamalan surmakuskin vaimo hakee eroa

    6. 6

      Jumboksi jääneeltä Hanna Sumarilta kova purkaus TTK:sta – koki karvaan pettymyksen: ”Tulin tosi surulliseksi”

    7. 7

      Äiti ihmettelee, miksi kuollut poika saa yhä karhukirjeitä – ”Häntä uhataan oikeuden­käynneillä”

    8. 8

      Vanhojen tanssien pukuloistoa – katso lukijoiden upeat kuvat juhlapuvuista!

    9. 9

      Emmerdalesta tuttu näyttelijä kihlautui Britannian väkivaltaisimman ja vaarallisimman vangin kanssa: ”Olen rakastunut häneen”

    10. 10

      Suomen valtiota ja tuhansia kotikoneita piinannut teinihakkeri vangittiin – petti poliisille antamansa lupauksen

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Prisman kassamyyjä sai pyörätuolimiehen itkemään Helsingissä – jonossa ollut Jatta riensi apuun: ”Olin niin kiukkuinen”

    2. 2

      Tutkijat tekivät pelottavan löydön merenpohjasta 10 kilometrin syvyydestä

    3. 3

      MTV: Saara Aalto kärsii kiusallisesta ja kivuliaasta naistentaudista: ”Ei parannuskeinoa”

    4. 4

      Pekka Vähäsöyrinki tunnusti Mika Myllylän haudalla, milloin dopinginkäyttö alkoi: ”Siinä hetkessä annoin periksi”

    5. 5

      Nuori mies jäi kiinni pettämisestä nololla tavalla – typerä töppäys sosiaalisessa mediassa kavalsi

    6. 6

      Stubb opetti Trumpille faktoja Ruotsista – viesti sytytti kiivaan keskustelun

    7. 7

      Kanadan hurmuriministeri sai Ivanka Trumpin pasmat sekaisin – flirttaileva kuva leviää vauhdilla

    8. 8

      Vuosikymmeniä mietityttänyt arvoitus ratkesi – Harri Kirvesniemi kertoo, miksi hiihti aina pää kenossa

    9. 9

      Sunnuntailisät pois, työpäivän pituus 12 tuntiin? ”Tehdään työtä silloin, kun sitä on”

    10. 10

      Donald Trumpilta outo viittaus Ruotsiin: ”Katsokaa, mitä tapahtui eilen illalla Ruotsissa – kuka olisi uskonut?”

    11. Näytä lisää

    Näitä luetaan!

    1. 1

      Rakastunut Olli Lindholm kertoo ensi kertaa: Tällainen on uusi naisystävä Eveliina, 35: ”En ole koskaan tavannut hänen kaltaistaan”

    2. 2

      Hurjat rakkauskilot: Vaimo jättää Askon WhatsApp-viestillä yhtäkkiä: ”Miksei soittanut ja kysynyt, voidaanko nähdä?”

    3. 3

      Tyttöystävänsä kuolemasta epäilty nuorukainen sai ensimmäisen rikostuomionsa jo 15-vuotiaana – pahoinpiteli tyttöjä Nokialla uutenavuotena

    4. 4

      Cheyenne Järvisen rohkea topless-kuva poistettiin Instagramista – kohukaunotar tuohtui ja julkaisi sen uudelleen

    5. 5

      Emmerdalesta tuttu näyttelijä kihlautui Britannian väkivaltaisimman ja vaarallisimman vangin kanssa: ”Olen rakastunut häneen”

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Nokialla pahoinpidelty 17-vuotias tyttö on kuollut

    2. 2

      Poliisi Sastamalan kaksoissurmasta: Tekoa edelsi perheriita

    3. 3

      Donald Trumpin Tiffany-tytär, 23, nolattiin muotitapahtumassa – kukaan ei halunnut istua vieressä: ”Ihmiset pakenivat”

    4. 4

      194-senttisen suomalaisen teinitytön temppu hätkäytti NBA-leirillä – valmentaja: ”Häntä yritetään repiä joka paikkaan”

    5. 5

      Sastamalan surmakuskin vaimo hakee eroa

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Prisman kassamyyjä sai pyörätuolimiehen itkemään Helsingissä – jonossa ollut Jatta riensi apuun: ”Olin niin kiukkuinen”

    2. 2

      Tutkijat tekivät pelottavan löydön merenpohjasta 10 kilometrin syvyydestä

    3. 3

      MTV: Saara Aalto kärsii kiusallisesta ja kivuliaasta naistentaudista: ”Ei parannuskeinoa”

    4. 4

      Pekka Vähäsöyrinki tunnusti Mika Myllylän haudalla, milloin dopinginkäyttö alkoi: ”Siinä hetkessä annoin periksi”

    5. 5

      Nuori mies jäi kiinni pettämisestä nololla tavalla – typerä töppäys sosiaalisessa mediassa kavalsi

    6. Näytä lisää