Digitoday

Valikko

Väitöstutkimuksesta apuja biolääketieteen tekstien louhinnan kehittämiseen

Biolääketieteellisen tekstin louhintaa käsittelevä väitöskirjatutkimus synnytti uusia louhinnan menetelmiä mahdollistavan tekstikokoelmaresurssin, jota on käytetty jo usean kansainvälisen tutkimusyhteisön työssä.
FM Sampo Pyysalon väitöstyössä on arvioitu ja kehitetty menetelmiä ja resursseja tiedon louhintaan biolääketieteellisistä julkaisuista käyttäen luonnollisen kielen jäsentämisen ja koneoppimisen menetelmiä.

Elämän mahdollistavat biologiset prosessit muodostavat monimutkaisimmat tuntemistamme järjestelmistä: esimerkiksi ihmisen yli 20.000 geenin tuottamien proteiinien välillä on satoja tuhansia vuorovaikutussuhteita.

PubMed: 20 miljoonaa artikkelia
- ja kasvaa 2000:lla päivässä

Näiden järjestelmien ymmärtäminen on yksi nykybiologian keskeisistä haasteista, mutta aihetta käsittelevien tieteellisten artikkelien määrä tekee tiedon koostamisen ihmisvoimin mahdottomaksi: biolääketieteen keskeinen kirjallisuustietokanta PubMed käsittää lähes 20 miljoonaa artikkelia ja kasvaa päivittäin lähes kahdella tuhannella uudella julkaisulla.

Viimeisen vuosikymmenen aikana tähän informaatiotulvaan on pyritty vastaamaan automatisoimalla biolääketieteellisten artikkelien lukeminen ja "ymmärtäminen".

Näiden pääosin sanomalehtitekstille kehitettyjen menetelmien soveltaminen biolääketieteellisen tekstin käsittelyyn mahdollistaa merkittävästi aikaisempaa tehokkaamman tavan käsitellä alan tieteellisiä julkaisuja ja voi mullistaa mm. proteiinien välisiä suhteita käsittelevän tiedon koostamisen.

Näin voidaan edistää biologisten järjestelmien ymmärtämistä ja tarjota uusia mahdollisuuksia mm. lääkekehitystyölle.

Lauseiden rakenteen automaattisesti tunnistavat ohjelmat, jäsentimet, ovat keskeinen työkalu tekstin automaattisessa käsittelyssä.

Kehitetty resurssi mahdollistaa
menetelmien vertailun

Pyysalon työssä on tutkittu usean suositun jäsentimen toimivuutta ja tunnistettu ongelma-alueita uutistekstille kehitettyjen menetelmien soveltuvuudessa bioalan julkaisuille.  

Vastauksena alan erikoissanaston haasteisiin tutkimuksessa toteutettiin ja arvioitiin automaattisia jäsentimien sanaston laajennusmenetelmiä, joiden osoitettiin mahdollistavan merkittävästi tarkempi ja tehokkaampi biologisen tieteellisen tekstin jäsentäminen.

Jäsentämisen lisäksi tutkimustyössä on ollut merkittävässä asemassa biolääketieteellisen tekstin louhinnan mahdollistavien resurssien kehittäminen.

Kohteena olevan alan tekstien kokoelma johon on merkitty lauseiden rakenne sekä louhinnan kohteena oleva tieto on edellytys menetelmien arvioimiselle ja kehittämiselle sekä koneoppimiseen perustuvien menetelmien käytölle.  

Osana tutkimusta Turun Yliopiston bioinformatiikan laboratoriossa kehitettiin tällainen tekstikokoelma, jonka keskeisenä merkinnän kohteena ovat tekstien sisältämät proteiinien välisiä suhteita koskevat väitteet.

Tämän noin 15 työkuukauden tekstin merkintätyön tuloksena syntynyt resurssi, BioInfer, on vapaasti saatavilla. Tämä mahdollistaa eri projekteissa kehitettyjen menetelmien vertailtavuuden.  

Osana Pyysalon tutkimusta tehty saatavilla olevien alan tekstikokoelmien vertailu osoittaa että kehitetty kokoelma on tekstin louhintaa tukevien merkintöjensä tarkkuudessa ainutlaatuinen, ja kokoelma on ollut käytössä jo useassa biolääketieteellisen tekstin louhinnan kansainvälisen tutkimusyhteisön työssä.

Sampo Pyysalon väitöskirja "A Dependency Parsing Approach to Biomedical Text Mining"  (Biolääketieteellisen tekstin louhinta riippuvuuskielioppien avulla) esitetään tarkastettavaksi Turun ICT-talolla lauantaina 6. syyskuuta. Virallisena vastaväittäjänä toimii professori Jun'ichi Tsujii Tokion yliopistosta ja kustoksena professori Tapio Salakoski.

Kommentit

    Näytä lisää

    Näitä luetaan!

    1. 1

      Poliisi IS:lle: Näin sarjahukuttaja jäi kiinni – ”Hänellä oli itsellään tiedossa...”

    2. 2

      Niinan, 38, maatilaa on vainottu jo kolme vuotta: hevosta ajettiin autolla takaa – koko karja menee teuraaksi

    3. 3

      Häiden alla eronnut urheilun superpari kitkerässä sanasodassa: ”En ymmärrä miksi hän puhuu siitä edelleen”

    4. 4

      Intiimi hetki sian kanssa – Oulun poliisi otti oudon miehen kiinni ojasta

    5. 5

      Rouva Tellervo Koivisto IS-haastattelussa: ”Mieheni kunto on joulun jälkeen heikentynyt”

    6. 6

      Valtava jäävuori uhkaa irrota Etelämantereelta – kauhuskenaariona maailmanlaajuiset seuraukset

    7. 7

      Mies jätti paistinpannun kuumalle liedelle ja lähti kauppaan

    8. 8

      Kokoomusministerit uskovat: Arki Valkoisessa talossa herättää todellisuuteen – ”Trump kasaa itselleen voimakkaasti paineita”

    9. 9

      Soinilta ”kohtelias täystyrmäys” autoveromuutoksille – Orpo komppaa

    10. 10

      Poliisi sai sarjahukuttajan kiinni Joensuussa

    11. Näytä lisää
    1. 1

      IS seurasi hetki hetkeltä: Trumpin ensimmäinen päivä presidenttinä huipentui tanssiaisiin

    2. 2

      6 yleistä virhettä, jotka sinäkin luultavasti teet joka kerta suihkussa

    3. 3

      Mikä kaunotar! Ivanka Trump, 35, käänsi katseet vaaleanpunaisessa prinsessapuvussaan

    4. 4

      Valtava jäävuori uhkaa irrota Etelämantereelta – kauhuskenaariona maailmanlaajuiset seuraukset

    5. 5

      Kiusallinen sekaannus Melania Trumpin ja Michelle Obaman välillä – presidenttiparit pyörivät Valkoisen talon portailla hämmentyneinä

    6. 6

      Tappolistat, agentit, vakoilusatelliitit... 8 salaisuutta, jotka Donald Trump saa tietää virkaan astuttuaan

    7. 7

      Kumppaniaan pettänyt listaa: ”Olisinpa tiennyt nämä asiat ennen kuin petin”

    8. 8

      Poliisi IS:lle: Näin sarjahukuttaja jäi kiinni – ”Hänellä oli itsellään tiedossa...”

    9. 9

      Sarjahukuttajan puhelin hälyttää, mutta missä? Poliisin paikannusyritys jäi tuloksettomaksi

    10. 10

      Juha Mieto joutui antamaan periksi nykyajalle – yhdestä periaatteesta hän ei kuitenkaan luovu ikinä

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Juo aamulla vettä tyhjään vatsaan – 8 mahtavaa vaikutusta

    2. 2

      Häikäisevän kaunis morsian! Mika Häkkinen ja Marketa pääsivät poroajelun kyytiin – suloiset lapset mukana

    3. 3

      Mikan ja Marketan rakkaustarina – saksalaislehti paljasti kaunottaren menneisyyden

    4. 4

      Perhe etsii vastausta kammottavaan kuvaan – mitä tai mikä ilmestyi yhtäkkiä yöllä kotipihalla otettuun valokuvaan?

    5. 5

      Serbian seksikkäin laulaja Milica, 25, purskahti korsetistaan ulos kesken keikan – yleisö villiintyi

    6. 6

      Nainen synnytti salaa vessassa – raskaudesta tietämättömät vanhemmat havahtuivat pamaukseen

    7. 7

      Kolme povekasta blondia: Natalie, 45, sekoitetaan jatkuvasti tyttäriinsä – erotatko kuvista kuka on äiti?

    8. 8

      Yksi kuoli rekan pudottua moottoritieltä Lohjalla – erikoinen tapahtumaketju johti karmeaan turmaan

    9. 9

      Dramaattiset kuvat: Myrskypuuska romahdutti rakenteilla olleen, yli 100-neliöisen talon maan tasalle Kuopiossa

    10. 10

      Uimapukumalli Chrissy Teigen jakoi rehellisen kuvan reisistään – miehet hämmentyivät: ”Olen katsonut tätä jo minuutin, ja...”

    11. Näytä lisää

    Näitä luetaan!

    1. 1

      Poliisi IS:lle: Näin sarjahukuttaja jäi kiinni – ”Hänellä oli itsellään tiedossa...”

    2. 2

      Niinan, 38, maatilaa on vainottu jo kolme vuotta: hevosta ajettiin autolla takaa – koko karja menee teuraaksi

    3. 3

      Häiden alla eronnut urheilun superpari kitkerässä sanasodassa: ”En ymmärrä miksi hän puhuu siitä edelleen”

    4. 4

      Intiimi hetki sian kanssa – Oulun poliisi otti oudon miehen kiinni ojasta

    5. 5

      Rouva Tellervo Koivisto IS-haastattelussa: ”Mieheni kunto on joulun jälkeen heikentynyt”

    6. Näytä lisää
    1. 1

      IS seurasi hetki hetkeltä: Trumpin ensimmäinen päivä presidenttinä huipentui tanssiaisiin

    2. 2

      6 yleistä virhettä, jotka sinäkin luultavasti teet joka kerta suihkussa

    3. 3

      Mikä kaunotar! Ivanka Trump, 35, käänsi katseet vaaleanpunaisessa prinsessapuvussaan

    4. 4

      Valtava jäävuori uhkaa irrota Etelämantereelta – kauhuskenaariona maailmanlaajuiset seuraukset

    5. 5

      Kiusallinen sekaannus Melania Trumpin ja Michelle Obaman välillä – presidenttiparit pyörivät Valkoisen talon portailla hämmentyneinä

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Juo aamulla vettä tyhjään vatsaan – 8 mahtavaa vaikutusta

    2. 2

      Häikäisevän kaunis morsian! Mika Häkkinen ja Marketa pääsivät poroajelun kyytiin – suloiset lapset mukana

    3. 3

      Mikan ja Marketan rakkaustarina – saksalaislehti paljasti kaunottaren menneisyyden

    4. 4

      Perhe etsii vastausta kammottavaan kuvaan – mitä tai mikä ilmestyi yhtäkkiä yöllä kotipihalla otettuun valokuvaan?

    5. 5

      Serbian seksikkäin laulaja Milica, 25, purskahti korsetistaan ulos kesken keikan – yleisö villiintyi

    6. Näytä lisää