Digitoday

Valikko

Väitöstutkimuksesta apuja biolääketieteen tekstien louhinnan kehittämiseen

Biolääketieteellisen tekstin louhintaa käsittelevä väitöskirjatutkimus synnytti uusia louhinnan menetelmiä mahdollistavan tekstikokoelmaresurssin, jota on käytetty jo usean kansainvälisen tutkimusyhteisön työssä.
FM Sampo Pyysalon väitöstyössä on arvioitu ja kehitetty menetelmiä ja resursseja tiedon louhintaan biolääketieteellisistä julkaisuista käyttäen luonnollisen kielen jäsentämisen ja koneoppimisen menetelmiä.

Elämän mahdollistavat biologiset prosessit muodostavat monimutkaisimmat tuntemistamme järjestelmistä: esimerkiksi ihmisen yli 20.000 geenin tuottamien proteiinien välillä on satoja tuhansia vuorovaikutussuhteita.

PubMed: 20 miljoonaa artikkelia
- ja kasvaa 2000:lla päivässä

Näiden järjestelmien ymmärtäminen on yksi nykybiologian keskeisistä haasteista, mutta aihetta käsittelevien tieteellisten artikkelien määrä tekee tiedon koostamisen ihmisvoimin mahdottomaksi: biolääketieteen keskeinen kirjallisuustietokanta PubMed käsittää lähes 20 miljoonaa artikkelia ja kasvaa päivittäin lähes kahdella tuhannella uudella julkaisulla.

Viimeisen vuosikymmenen aikana tähän informaatiotulvaan on pyritty vastaamaan automatisoimalla biolääketieteellisten artikkelien lukeminen ja "ymmärtäminen".

Näiden pääosin sanomalehtitekstille kehitettyjen menetelmien soveltaminen biolääketieteellisen tekstin käsittelyyn mahdollistaa merkittävästi aikaisempaa tehokkaamman tavan käsitellä alan tieteellisiä julkaisuja ja voi mullistaa mm. proteiinien välisiä suhteita käsittelevän tiedon koostamisen.

Näin voidaan edistää biologisten järjestelmien ymmärtämistä ja tarjota uusia mahdollisuuksia mm. lääkekehitystyölle.

Lauseiden rakenteen automaattisesti tunnistavat ohjelmat, jäsentimet, ovat keskeinen työkalu tekstin automaattisessa käsittelyssä.

Kehitetty resurssi mahdollistaa
menetelmien vertailun

Pyysalon työssä on tutkittu usean suositun jäsentimen toimivuutta ja tunnistettu ongelma-alueita uutistekstille kehitettyjen menetelmien soveltuvuudessa bioalan julkaisuille.  

Vastauksena alan erikoissanaston haasteisiin tutkimuksessa toteutettiin ja arvioitiin automaattisia jäsentimien sanaston laajennusmenetelmiä, joiden osoitettiin mahdollistavan merkittävästi tarkempi ja tehokkaampi biologisen tieteellisen tekstin jäsentäminen.

Jäsentämisen lisäksi tutkimustyössä on ollut merkittävässä asemassa biolääketieteellisen tekstin louhinnan mahdollistavien resurssien kehittäminen.

Kohteena olevan alan tekstien kokoelma johon on merkitty lauseiden rakenne sekä louhinnan kohteena oleva tieto on edellytys menetelmien arvioimiselle ja kehittämiselle sekä koneoppimiseen perustuvien menetelmien käytölle.  

Osana tutkimusta Turun Yliopiston bioinformatiikan laboratoriossa kehitettiin tällainen tekstikokoelma, jonka keskeisenä merkinnän kohteena ovat tekstien sisältämät proteiinien välisiä suhteita koskevat väitteet.

Tämän noin 15 työkuukauden tekstin merkintätyön tuloksena syntynyt resurssi, BioInfer, on vapaasti saatavilla. Tämä mahdollistaa eri projekteissa kehitettyjen menetelmien vertailtavuuden.  

Osana Pyysalon tutkimusta tehty saatavilla olevien alan tekstikokoelmien vertailu osoittaa että kehitetty kokoelma on tekstin louhintaa tukevien merkintöjensä tarkkuudessa ainutlaatuinen, ja kokoelma on ollut käytössä jo useassa biolääketieteellisen tekstin louhinnan kansainvälisen tutkimusyhteisön työssä.

Sampo Pyysalon väitöskirja "A Dependency Parsing Approach to Biomedical Text Mining"  (Biolääketieteellisen tekstin louhinta riippuvuuskielioppien avulla) esitetään tarkastettavaksi Turun ICT-talolla lauantaina 6. syyskuuta. Virallisena vastaväittäjänä toimii professori Jun'ichi Tsujii Tokion yliopistosta ja kustoksena professori Tapio Salakoski.

Kommentit

    Näytä lisää

    Näitä luetaan!

    1. 1

      Kuvat rajusta välikohtauksesta: Vastarintaliikkeen mielenosoittajaa lyötiin – poliisi taltutti hyökkääjän

    2. 2

      Jonna Tervomaan nännikohu ja Ilkka Kanervan taintuminen – Linnan juhlien 5 erikoisinta hetkeä vuosien varrelta

    3. 3

      Pelaa Suomi-visaa: Vain suomalainen tietää vastauksen näihin 40 kysymykseen

    4. 4

      Suora lähetys juuri nyt: Kaksi mielenosoitusta kohtasi Kaisaniemen puistossa

    5. 5

      Mielenosoitusten ääripäät kohtaavat Kaisaniemessä: toisella puolella tuhat, toisella puolella pari sataa ihmistä – IS seuraa hetki hetkeltä

    6. 6

      Antifasistit jakoivat asema-aukiolla toimintaohjeita mielenosoitusta varten: ”Jos joudut putkaan, muista...”

    7. 7

      Kansanedustaja Sanna Marin, 31, astelee tyrmäävänä Linnaan – esittelee iltapukunsa upeissa kuvissa

    8. 8

      Hakaniemen tori piiritetty – paikalla runsaasti poliiseja

    9. 9

      Brittimedia väittää: Saara Aalto duetoi X Factor -finaalissa Adam Lambertin kanssa

    10. 10

      Raskaana oleva Jaana Pelkonen ei tingi tyylistään – korkeissa koroissa Linnaan: ”Mitä suurempi maha, sitä korkeammat korot”

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Neljä jättihittiä! Tällainen oli Saara Aallon Senaatintorin show – vitsaili Suomen kylmästä säästä

    2. 2

      Saara Aalto esiintyy Senaatintorilla

    3. 3

      Thaimaan-lento yli 21 tuntia myöhässä – Huhut liikkuvat hermostuneiden matkustajien kesken

    4. 4

      Muistatko nämä? Linnan juhlien ikimuistoisimmat tyylit vuodesta 1960

    5. 5

      Salainen sähköposti Johaugista paljastui: Norjan hiihtoliiton työntekijät käskettiin hiljaiseksi

    6. 6

      Cheryl, 3, siepattiin uimarannalta 46 vuotta sitten – Australian poliisi uskoo tehneensä merkittävän läpimurron tapauksen tutkinnassa

    7. 7

      IS seuraa hetki hetkeltä: Saara Aallolla huikea konsertti Senaatintorilla – jättiyleisö villinä: ”Tää on mieletöntä”

    8. 8

      5 tyylimokaa, joita ammattilainen ei halua enää nähdä Linnan juhlissa

    9. 9

      Juuso-karhun isäntä Sulo, 75, sai kutsun Linnan juhliin – näin hän kertoi asiasta karhulle

    10. 10

      Erja-vaimon reaktio Toni Vilanderin Ferrarin kyydissä on näkemisen arvoinen – ”Tän jälkeen sä et aja enää yhtään kisaa!”

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Poliisi IS:lle: Tällainen tausta Imatran epäillyllä 23-vuotiaalla kolmoismurhaajalla on

    2. 2

      WhatsApp katoaa miljoonista puhelimista – katso, onko omasi listalla

    3. 3

      7 yleisen syövän varhaiset varoitusmerkit – tunnista ajoissa

    4. 4

      Raakel Lignellin raju painonpudotus ja tiukka ruokavalio johtivat pysyviin terveysongelmiin: ”Riistäytyi vähän käsistä”

    5. 5

      Tuulenvire paljasti Donald Trumpin omituisen ”asumokan” – netti sekosi lentokentältä napatusta kuvasta

    6. 6

      Perhesyyt eivät painaneet? Mika Salolla teoria Nico Rosbergin lopettamisesta: ”Kukaan ei tajua sitä…”

    7. 7

      Todelliset syyt, joiden vuoksi naiset voihkivat seksin aikana

    8. 8

      Nainen teki ”pettämistestin” poikaystävälleen – lopputulos ei ilahduttanut, videolla jo 6 miljoonaa katselukertaa

    9. 9

      Aleksi Valavuori julkaisi matkakuvan Los Angelesista: maisemaotos paljastuikin Ikean sisustustauluksi – some repesi

    10. 10

      Eija, 32, huomasi vauvansa olevan erilainen – elämä muuttui pikkuhiljaa painajaiseksi

    11. Näytä lisää

    Näitä luetaan!

    1. 1

      Kuvat rajusta välikohtauksesta: Vastarintaliikkeen mielenosoittajaa lyötiin – poliisi taltutti hyökkääjän

    2. 2

      Jonna Tervomaan nännikohu ja Ilkka Kanervan taintuminen – Linnan juhlien 5 erikoisinta hetkeä vuosien varrelta

    3. 3

      Pelaa Suomi-visaa: Vain suomalainen tietää vastauksen näihin 40 kysymykseen

    4. 4

      Suora lähetys juuri nyt: Kaksi mielenosoitusta kohtasi Kaisaniemen puistossa

    5. 5

      Mielenosoitusten ääripäät kohtaavat Kaisaniemessä: toisella puolella tuhat, toisella puolella pari sataa ihmistä – IS seuraa hetki hetkeltä

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Neljä jättihittiä! Tällainen oli Saara Aallon Senaatintorin show – vitsaili Suomen kylmästä säästä

    2. 2

      Saara Aalto esiintyy Senaatintorilla

    3. 3

      Thaimaan-lento yli 21 tuntia myöhässä – Huhut liikkuvat hermostuneiden matkustajien kesken

    4. 4

      Muistatko nämä? Linnan juhlien ikimuistoisimmat tyylit vuodesta 1960

    5. 5

      Salainen sähköposti Johaugista paljastui: Norjan hiihtoliiton työntekijät käskettiin hiljaiseksi

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Poliisi IS:lle: Tällainen tausta Imatran epäillyllä 23-vuotiaalla kolmoismurhaajalla on

    2. 2

      WhatsApp katoaa miljoonista puhelimista – katso, onko omasi listalla

    3. 3

      7 yleisen syövän varhaiset varoitusmerkit – tunnista ajoissa

    4. 4

      Raakel Lignellin raju painonpudotus ja tiukka ruokavalio johtivat pysyviin terveysongelmiin: ”Riistäytyi vähän käsistä”

    5. 5

      Tuulenvire paljasti Donald Trumpin omituisen ”asumokan” – netti sekosi lentokentältä napatusta kuvasta

    6. Näytä lisää