Digitoday

Valikko

Chipster-ohjelmisto pääsee suomalaisten yliopistojen ulkopuolelle

Chipster-ohjelmiston käyttömahdollisuus laajenee suomalaisten yliopistojen ulkopuolelle, ilmoittaa Tieteen tietotekniikan keskus CSC.
Chipster on CSC:n kehittämä ohjelmisto DNA-sirudatan analysointiin.

DNA-siruanalyysi on CSC:n mukaan erittäin nopeasti kehittyvä ala, ja suuri osa kehitetyistä menetelmistä julkaistaan kansainvälisessä Bioconductor-projektissa. Projektissa julkaistut analyysimenetelmät ovat vapaasti saatavilla, mutta niiden hyödyntäminen edellyttää R-ohjelmointikielen osaamista. Tämä rajoittaa menetelmien käyttöä, sillä sirututkijoilla on tyypillisesti bio- tai lääketiedetausta eikä ohjelmointikokemusta. Suomalaisnäkökulman mukaan Chipster-ohjelmisto tuo valikoiman uusimpia analyysimenetelmiä kaikkien ulottuville graafisen käyttöliittymänsä avulla.

CSC arvioi, että keväällä 2008 julkaistu Chipster-ohjelmisto on herättänyt laajaa kansainvälistä kiinnostusta. Tähän asti vain suomalaisten yliopistojen tutkijat ovat voineet käyttää Chipsteriä, mutta suuren suosion vuoksi nyt myös muut voivat hankkia Chipsterin käyttöoikeuden maksua vastaan.

Käyttoikeus
300 eurolla


Tutkijat suomalaisissa tutkimuslaitoksissa sekä ulkomaalaisissa yliopistoissa ja tutkimuslaitoksissa saavat Chipster-ohjelmiston akateemisen käyttöoikeuden käyttäjäkohtaista 300 euron vuosimaksua vastaan. Käyttöoikeus pitää sisällään käyttäjätunnuksen CSC:n palvelimilla ajettavaan Chipster-ohjelmistoon sekä 500 CPU-tuntia laskenta-aikaa. Suomalaisten yliopistojen ja ammattikorkeakoulujen tutkijoille Chipster säilyy edelleen opetusministeriön kustantamana palveluna.

Chipsterin graafinen asiakasohjelmisto toimii käyttäjän koneella, ja varsinaiset analyysityöt ajetaan CSC:n laskentapalvelimilla. Chipster tukee useimpia sirutyyppejä, ja Java-ohjelmana se toimii Windows-, Mac- ja Linux -ympäristöissä. Chipster sisältää tällä hetkellä lähes 100 analyysi- ja visualisointityökalua, ja työkaluvalikoimaa on helppo laajentaa.

Käyttäjä voi yhdistää ja automatisoida usein käyttämiään analyysityökaluja suuremmiksi kokonaisuuksiksi, tai käyttää Chipsterin sisältämiä valmiita analyysikokonaisuuksia.

Kommentit

    Näytä lisää

    Näitä luetaan!

    1. 1

      Turun moottoritie poikki Lohjalla – suurta liikennehaittaa odotettavissa jopa tunneiksi

    2. 2

      Robinin, 18, Linnan juhlat -asussa mukana yksityiskohta, joka jäi monilta huomaamatta – presidentiltä erityinen pyyntö kättelyjonossa

    3. 3

      Katso, mitä tapahtui asuntolainan hinnalle – ”Pankin vaihtajia on liikkeellä”

    4. 4

      Raivostunut Matti Nykänen perui keikkansa Kanarialla – ravintola joutui maksumieheksi: ”V**ut minä mitään keikkaa vedä”

    5. 5

      Raju uutisankka Suomen hävittäjäkaupoista levisi Venäjällä – Obaman väitettiin käyttävän Suomea ”koston” välikappaleena

    6. 6

      Katin ja Mikon loppumaton tuska – tytär ei elä enää pitkään: ”Lapsi jota on niin kovasti toivonut, otetaan pois”

    7. 7

      Brittilehdessä tänään melkoinen työpaikkailmoitus: näin Mercedes etsii Nico Rosbergille korvaajaa

    8. 8

      10 tieteellisti todistettua syytä harrastaa seksiä päivittäin

    9. 9

      Järkyttävä tapaus Britanniassa – Lapsi sai vakavia pysyviä vammoja vauvaiässä kokemiensa laiminlyöntien vuoksi

    10. 10

      Päivi vai Jari? Suomi puhui kahdesta nimestä 26 vuotta sitten – ”Onneksi ei ollut somea”

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Hänellä oli Linnan juhlien rohkein iltapuku – IS:n lukijat äänestivät illan räväyttävimmän pukeutujan

    2. 2

      Järkyttävä tragedia golfin huipputurnauksessa – ”Kaikki ovat shokissa ja järkyttyneitä”

    3. 3

      X Factor -finalistin kotiinpaluujuhla kalpeni selvästi Saara Aallolle – Helsinki-hysteriassa moninkertainen yleisömäärä

    4. 4

      Raivostunut Matti Nykänen perui keikkansa Kanarialla – ravintola joutui maksumieheksi: ”V**ut minä mitään keikkaa vedä”

    5. 5

      Linnan jatkoilla nousi hässäkkä – Heikki Lampela ja Hanna Kärpänen sisään vahvassa juhlatunnelmassa: ”Haluan seikkailuja”

    6. 6

      Sharon Osbourne ”teki kylmät” Saara Aallolle – vaikuttaako mentorin tuen puuttuminen X Factorin voittoon?

    7. 7

      Matti Vanhasen tyrmäävä naisystävä Heidi säväytti Linnassa – sahaperijättären mekko paljasti dekolteen

    8. 8

      Katin ja Mikon loppumaton tuska – tytär ei elä enää pitkään: ”Lapsi jota on niin kovasti toivonut, otetaan pois”

    9. 9

      Arman Alizad valitsi Linnan juhlien parhaat pukeutujat – 5 napakymppiä: ”Näytti Kreikan kuningattarelta”

    10. 10

      Ruben Stiller yllättäen pois tv-ruudusta

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Poliisi IS:lle: Tällainen tausta Imatran epäillyllä 23-vuotiaalla kolmoismurhaajalla on

    2. 2

      WhatsApp katoaa miljoonista puhelimista – katso, onko omasi listalla

    3. 3

      7 yleisen syövän varhaiset varoitusmerkit – tunnista ajoissa

    4. 4

      Hänellä oli Linnan juhlien rohkein iltapuku – IS:n lukijat äänestivät illan räväyttävimmän pukeutujan

    5. 5

      Tuulenvire paljasti Donald Trumpin omituisen ”asumokan” – netti sekosi lentokentältä napatusta kuvasta

    6. 6

      Perhesyyt eivät painaneet? Mika Salolla teoria Nico Rosbergin lopettamisesta: ”Kukaan ei tajua sitä…”

    7. 7

      Todelliset syyt, joiden vuoksi naiset voihkivat seksin aikana

    8. 8

      Linnan jatkoilla nousi hässäkkä – Heikki Lampela ja Hanna Kärpänen sisään vahvassa juhlatunnelmassa: ”Haluan seikkailuja”

    9. 9

      Nainen teki ”pettämistestin” poikaystävälleen – lopputulos ei ilahduttanut, videolla jo 6 miljoonaa katselukertaa

    10. 10

      Eija, 32, huomasi vauvansa olevan erilainen – elämä muuttui pikkuhiljaa painajaiseksi

    11. Näytä lisää

    Näitä luetaan!

    1. 1

      Turun moottoritie poikki Lohjalla – suurta liikennehaittaa odotettavissa jopa tunneiksi

    2. 2

      Robinin, 18, Linnan juhlat -asussa mukana yksityiskohta, joka jäi monilta huomaamatta – presidentiltä erityinen pyyntö kättelyjonossa

    3. 3

      Katso, mitä tapahtui asuntolainan hinnalle – ”Pankin vaihtajia on liikkeellä”

    4. 4

      Raivostunut Matti Nykänen perui keikkansa Kanarialla – ravintola joutui maksumieheksi: ”V**ut minä mitään keikkaa vedä”

    5. 5

      Raju uutisankka Suomen hävittäjäkaupoista levisi Venäjällä – Obaman väitettiin käyttävän Suomea ”koston” välikappaleena

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Hänellä oli Linnan juhlien rohkein iltapuku – IS:n lukijat äänestivät illan räväyttävimmän pukeutujan

    2. 2

      Järkyttävä tragedia golfin huipputurnauksessa – ”Kaikki ovat shokissa ja järkyttyneitä”

    3. 3

      X Factor -finalistin kotiinpaluujuhla kalpeni selvästi Saara Aallolle – Helsinki-hysteriassa moninkertainen yleisömäärä

    4. 4

      Raivostunut Matti Nykänen perui keikkansa Kanarialla – ravintola joutui maksumieheksi: ”V**ut minä mitään keikkaa vedä”

    5. 5

      Linnan jatkoilla nousi hässäkkä – Heikki Lampela ja Hanna Kärpänen sisään vahvassa juhlatunnelmassa: ”Haluan seikkailuja”

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Poliisi IS:lle: Tällainen tausta Imatran epäillyllä 23-vuotiaalla kolmoismurhaajalla on

    2. 2

      WhatsApp katoaa miljoonista puhelimista – katso, onko omasi listalla

    3. 3

      7 yleisen syövän varhaiset varoitusmerkit – tunnista ajoissa

    4. 4

      Hänellä oli Linnan juhlien rohkein iltapuku – IS:n lukijat äänestivät illan räväyttävimmän pukeutujan

    5. 5

      Tuulenvire paljasti Donald Trumpin omituisen ”asumokan” – netti sekosi lentokentältä napatusta kuvasta

    6. Näytä lisää