Digitoday

Valikko

Chipster-ohjelmisto pääsee suomalaisten yliopistojen ulkopuolelle

Chipster-ohjelmiston käyttömahdollisuus laajenee suomalaisten yliopistojen ulkopuolelle, ilmoittaa Tieteen tietotekniikan keskus CSC.
Chipster on CSC:n kehittämä ohjelmisto DNA-sirudatan analysointiin.

DNA-siruanalyysi on CSC:n mukaan erittäin nopeasti kehittyvä ala, ja suuri osa kehitetyistä menetelmistä julkaistaan kansainvälisessä Bioconductor-projektissa. Projektissa julkaistut analyysimenetelmät ovat vapaasti saatavilla, mutta niiden hyödyntäminen edellyttää R-ohjelmointikielen osaamista. Tämä rajoittaa menetelmien käyttöä, sillä sirututkijoilla on tyypillisesti bio- tai lääketiedetausta eikä ohjelmointikokemusta. Suomalaisnäkökulman mukaan Chipster-ohjelmisto tuo valikoiman uusimpia analyysimenetelmiä kaikkien ulottuville graafisen käyttöliittymänsä avulla.

CSC arvioi, että keväällä 2008 julkaistu Chipster-ohjelmisto on herättänyt laajaa kansainvälistä kiinnostusta. Tähän asti vain suomalaisten yliopistojen tutkijat ovat voineet käyttää Chipsteriä, mutta suuren suosion vuoksi nyt myös muut voivat hankkia Chipsterin käyttöoikeuden maksua vastaan.

Käyttoikeus
300 eurolla


Tutkijat suomalaisissa tutkimuslaitoksissa sekä ulkomaalaisissa yliopistoissa ja tutkimuslaitoksissa saavat Chipster-ohjelmiston akateemisen käyttöoikeuden käyttäjäkohtaista 300 euron vuosimaksua vastaan. Käyttöoikeus pitää sisällään käyttäjätunnuksen CSC:n palvelimilla ajettavaan Chipster-ohjelmistoon sekä 500 CPU-tuntia laskenta-aikaa. Suomalaisten yliopistojen ja ammattikorkeakoulujen tutkijoille Chipster säilyy edelleen opetusministeriön kustantamana palveluna.

Chipsterin graafinen asiakasohjelmisto toimii käyttäjän koneella, ja varsinaiset analyysityöt ajetaan CSC:n laskentapalvelimilla. Chipster tukee useimpia sirutyyppejä, ja Java-ohjelmana se toimii Windows-, Mac- ja Linux -ympäristöissä. Chipster sisältää tällä hetkellä lähes 100 analyysi- ja visualisointityökalua, ja työkaluvalikoimaa on helppo laajentaa.

Käyttäjä voi yhdistää ja automatisoida usein käyttämiään analyysityökaluja suuremmiksi kokonaisuuksiksi, tai käyttää Chipsterin sisältämiä valmiita analyysikokonaisuuksia.

Kommentit

    Näytä lisää

    Näitä luetaan!

    1. 1

      Trump tölväisi heti demokraattien uutta puheenjohtajaa – sai tymäkän vastauksen

    2. 2

      Joel, 24, voitti melkoiset häärahat televisiossa – kisa katkesi huippukysymykseen

    3. 3

      Kuvat: Vähäpukeinen Salkkarit-kaunotar räväytti fetissihenkisenä – esiintyi sidottuna suorassa Putous-lähetyksessä

    4. 4

      Auto törmäsi paraatiin New Orleansissa – yli 20 loukkaantunut

    5. 5

      Meksiko varoittaa nyt Yhdysvaltoja – aikoo vastata Trumpin muurihankkeeseen tullimaksuilla

    6. 6

      4 eri mitoilla varustettua miestä avautuu seksielämästään: ”Teen parhaani sillä, mitä minulla on”

    7. 7

      Väentungos aiheutti ikävän tilanteen MM-Lahden iltakisoissa – osa katsojista sai pahoinvointikohtauksia eikä päässyt katsomoon

    8. 8

      Putous-yllätys raivostutti suosikkihahmojaan äänestäneen somekansan – kukaan ei pudonnutkaan: ”Haiskahtaa epäilyttävältä”

    9. 9

      Lahden MM-ruuhkaan juuttunut Satu, 43, pettyi – istui kisajärjestäjien bussissa, kun Krista hiihti hopeaa: ”Kokemus olisi ollut antoisampi kotisohvalta”

    10. 10

      Janne Ahonen, 39, koki jotakin ainutkertaista ilmalentonsa aikana

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Sipoolaisen perheenäidin automatka katkesi karulla tavalla Vantaalle – kuului ”järjetön pamaus”

    2. 2

      Muistatko suomalaisen Pets-duon kohublondit? Katosivat julkisuudesta ja muuttivat elämänsä suunnan täysin – tältä Tiina ja Sini näyttävät nyt

    3. 3

      Lestadiolaisperheessä kasvanut Johannes, 41, kertoo perheväkivallasta – isä rankaisi tv:n katsomisesta kumiletkulla

    4. 4

      MTV:n 24-vuotias teiniäiti odottaa jo kolmatta lastaan – lapsen isä mysteeri, ex-mies julkaisi tylyn viestin

    5. 5

      Cheek teki sukupaljastuksen – Wikipedia-sivu meni välittömästi uusiksi

    6. 6

      Janne Ahonen, 39, koki jotakin ainutkertaista ilmalentonsa aikana

    7. 7

      Rannalle ajautui outo ”karvamöykky” Filippiineillä – villit spekulaatiot alkuperästä alkoivat välittömästi

    8. 8

      Olli Lindholm löysi Vain elämää -ohjelmasta yllättävän ystävän: ”Michael Monroe sanoi, että pyöri sen seurassa”

    9. 9

      Pariskunta putosi jäihin Espoossa: Sukeltajat etsivät turhaan yli tunnin – sitten tuli helpottava tieto

    10. 10

      Tarkista ja kuuntele: Mikä oli Suomen listaykkösenä, kun sinä synnyit?

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Julkkiksilta sataa tukea rumaksi haukutulle Maria Veitolalle – Rakel Liekiltä tyhjentävä kommentti

    2. 2

      Helsinkiläinen Nina, 44, avautuu isäpuolen järkyttävistä teoista: ”Äiti katseli vierestä, mutta ei koskaan puuttunut”

    3. 3

      Kummisetä antoi 10-vuotiaalle tyttärelle lahjarahaa – Kela rokotti koko perheeltä 341,52 euroa/kk

    4. 4

      Traaginen onnettomuus Helsingissä – työkoneen kauha osui kävelijään, nainen kuoli vammoihinsa

    5. 5

      Stubb opetti Trumpille faktoja Ruotsista – viesti sytytti kiivaan keskustelun

    6. 6

      Tarkista ja kuuntele: Mikä oli Suomen listaykkösenä, kun sinä synnyit?

    7. 7

      Yleinen virhe wc-pöntöllä: Tästä syystä pyttyyn jää helposti ”jarrutusjäljet”

    8. 8

      Anu Saagim haukkui Maria Veitolaa rumaksi suorassa lähetyksessä – Veitola harmistui studioyleisön reaktiosta: ”Yleisö nauraa ja taputtaa”

    9. 9

      Nokialla pahoinpidelty 17-vuotias tyttö on kuollut

    10. 10

      Donald Trumpilta outo viittaus Ruotsiin: ”Katsokaa, mitä tapahtui eilen illalla Ruotsissa – kuka olisi uskonut?”

    11. Näytä lisää

    Näitä luetaan!

    1. 1

      Trump tölväisi heti demokraattien uutta puheenjohtajaa – sai tymäkän vastauksen

    2. 2

      Joel, 24, voitti melkoiset häärahat televisiossa – kisa katkesi huippukysymykseen

    3. 3

      Kuvat: Vähäpukeinen Salkkarit-kaunotar räväytti fetissihenkisenä – esiintyi sidottuna suorassa Putous-lähetyksessä

    4. 4

      Auto törmäsi paraatiin New Orleansissa – yli 20 loukkaantunut

    5. 5

      Meksiko varoittaa nyt Yhdysvaltoja – aikoo vastata Trumpin muurihankkeeseen tullimaksuilla

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Sipoolaisen perheenäidin automatka katkesi karulla tavalla Vantaalle – kuului ”järjetön pamaus”

    2. 2

      Muistatko suomalaisen Pets-duon kohublondit? Katosivat julkisuudesta ja muuttivat elämänsä suunnan täysin – tältä Tiina ja Sini näyttävät nyt

    3. 3

      Lestadiolaisperheessä kasvanut Johannes, 41, kertoo perheväkivallasta – isä rankaisi tv:n katsomisesta kumiletkulla

    4. 4

      MTV:n 24-vuotias teiniäiti odottaa jo kolmatta lastaan – lapsen isä mysteeri, ex-mies julkaisi tylyn viestin

    5. 5

      Cheek teki sukupaljastuksen – Wikipedia-sivu meni välittömästi uusiksi

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Julkkiksilta sataa tukea rumaksi haukutulle Maria Veitolalle – Rakel Liekiltä tyhjentävä kommentti

    2. 2

      Helsinkiläinen Nina, 44, avautuu isäpuolen järkyttävistä teoista: ”Äiti katseli vierestä, mutta ei koskaan puuttunut”

    3. 3

      Kummisetä antoi 10-vuotiaalle tyttärelle lahjarahaa – Kela rokotti koko perheeltä 341,52 euroa/kk

    4. 4

      Traaginen onnettomuus Helsingissä – työkoneen kauha osui kävelijään, nainen kuoli vammoihinsa

    5. 5

      Stubb opetti Trumpille faktoja Ruotsista – viesti sytytti kiivaan keskustelun

    6. Näytä lisää