Digitoday

Valikko

Chipster-ohjelmisto pääsee suomalaisten yliopistojen ulkopuolelle

Chipster-ohjelmiston käyttömahdollisuus laajenee suomalaisten yliopistojen ulkopuolelle, ilmoittaa Tieteen tietotekniikan keskus CSC.
Chipster on CSC:n kehittämä ohjelmisto DNA-sirudatan analysointiin.

DNA-siruanalyysi on CSC:n mukaan erittäin nopeasti kehittyvä ala, ja suuri osa kehitetyistä menetelmistä julkaistaan kansainvälisessä Bioconductor-projektissa. Projektissa julkaistut analyysimenetelmät ovat vapaasti saatavilla, mutta niiden hyödyntäminen edellyttää R-ohjelmointikielen osaamista. Tämä rajoittaa menetelmien käyttöä, sillä sirututkijoilla on tyypillisesti bio- tai lääketiedetausta eikä ohjelmointikokemusta. Suomalaisnäkökulman mukaan Chipster-ohjelmisto tuo valikoiman uusimpia analyysimenetelmiä kaikkien ulottuville graafisen käyttöliittymänsä avulla.

CSC arvioi, että keväällä 2008 julkaistu Chipster-ohjelmisto on herättänyt laajaa kansainvälistä kiinnostusta. Tähän asti vain suomalaisten yliopistojen tutkijat ovat voineet käyttää Chipsteriä, mutta suuren suosion vuoksi nyt myös muut voivat hankkia Chipsterin käyttöoikeuden maksua vastaan.

Käyttoikeus
300 eurolla


Tutkijat suomalaisissa tutkimuslaitoksissa sekä ulkomaalaisissa yliopistoissa ja tutkimuslaitoksissa saavat Chipster-ohjelmiston akateemisen käyttöoikeuden käyttäjäkohtaista 300 euron vuosimaksua vastaan. Käyttöoikeus pitää sisällään käyttäjätunnuksen CSC:n palvelimilla ajettavaan Chipster-ohjelmistoon sekä 500 CPU-tuntia laskenta-aikaa. Suomalaisten yliopistojen ja ammattikorkeakoulujen tutkijoille Chipster säilyy edelleen opetusministeriön kustantamana palveluna.

Chipsterin graafinen asiakasohjelmisto toimii käyttäjän koneella, ja varsinaiset analyysityöt ajetaan CSC:n laskentapalvelimilla. Chipster tukee useimpia sirutyyppejä, ja Java-ohjelmana se toimii Windows-, Mac- ja Linux -ympäristöissä. Chipster sisältää tällä hetkellä lähes 100 analyysi- ja visualisointityökalua, ja työkaluvalikoimaa on helppo laajentaa.

Käyttäjä voi yhdistää ja automatisoida usein käyttämiään analyysityökaluja suuremmiksi kokonaisuuksiksi, tai käyttää Chipsterin sisältämiä valmiita analyysikokonaisuuksia.

Kommentit

    Näytä lisää

    Näitä luetaan!

    1. 1

      Juo aamulla vettä tyhjään vatsaan – 8 mahtavaa vaikutusta

    2. 2

      Serbian seksikkäin laulaja Milica, 25, purskahti korsetistaan ulos kesken keikan – yleisö villiintyi

    3. 3

      Kommentti: Käsittämätöntä toimintaa – Ampumahiihtoliitto alistui Kaisa Mäkäräisen vaatimuksesta

    4. 4

      Vuoden 2000 Renault Meganella ajava työtön Tommi, 36, kauhistui Bernerin suunnitelmasta: Valittava joko auto tai ruoka

    5. 5

      Bernerin selvitys sai soraääniä hallituksen sisältä – ministeri vastasi kritiikkiin: ”Henkilökohtaisesti olen tottunut siihen että...”

    6. 6

      Noin sadan suomalaisen loma Gambiassa keskeytyy ennen aikojaan – Tjäreborg lennättää matkailijat kotiin

    7. 7

      Michael Jacksonin Paris-tytär, 18, on kuin ilmetty Madonna – läpikuultava paita paljasti nännikorut

    8. 8

      Edelleen kateissa oleva sarjahukuttaja oli palkittu karjatilallinen – sitten tapahtui jotakin

    9. 9

      Nämä ihmiset ärsyttävät eniten lentokoneessa – yhdelle ryhmälle ylivoimainen voitto

    10. 10

      Antero Mertaranta esitteli harvinaisen kuvan pojistaan – ”Se on mun hieno kaarti”

    11. Näytä lisää
    1. 1

      HS: Hyväkuntoisen 48-vuotiaan naisen työnhaku tyssäsi 30-vuotiaan ylipainoisen miehen päätökseen

    2. 2

      Yksi kuoli rekan pudottua moottoritieltä Lohjalla – erikoinen tapahtumaketju johti karmeaan turmaan

    3. 3

      Jaana, 54, sai Alkosta potkut pitkien kynsien takia: ”Tämän ikäiselle yksikätiselle naiselle ei töitä löydy”

    4. 4

      Poliisi sai tuoreita vihjeitä sarjahukuttajasta – ”Etsintäkuulutettu on nähty aivan äsken”

    5. 5

      Taksikuski Heikki otti kyytiin rahattoman muistisairaan – kotoa löytyi salkku täynnä käteistä

    6. 6

      Edelleen kateissa oleva sarjahukuttaja oli palkittu karjatilallinen – sitten tapahtui jotakin

    7. 7

      Tv:ssä piilotellun Minttu Räikkösen uskalias gaalatyyli julki – asun jujuna näyttävä kaula-aukko ja halkio

    8. 8

      Reino Nordin kärysi poliisille huumeista, 3 epäiltyä rikosnimikettä – ”Pahoittelen perheelle aiheutettua häpeää”

    9. 9

      Tästä kirjeestä perintäyhtiö yritti veloittaa 397 euroa – ”Maan tapa”

    10. 10

      Ministeriö laski: Näin Bernerin suunnitelma vaikuttaisi eri ihmisiin – jopa 1000 euron lisäkulut

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Madonna julkaisi haarovälikuvan – Piers Morgan: ”Oksensin aamupalani”

    2. 2

      Poliisi ampui miehen maaliskuussa – vainajan autosta löytyi kolkko kirje

    3. 3

      Valesotilas yritti huijata – Tiina vedättikin takaisin: ”Naurettiin ukkoni kanssa niin, että mahaan koski”

    4. 4

      Häikäisevän kaunis morsian! Mika Häkkinen ja Marketa pääsivät poroajelun kyytiin – suloiset lapset mukana

    5. 5

      Mikan ja Marketan rakkaustarina – saksalaislehti paljasti kaunottaren menneisyyden

    6. 6

      Perhe etsii vastausta kammottavaan kuvaan – mitä tai mikä ilmestyi yhtäkkiä yöllä kotipihalla otettuun valokuvaan?

    7. 7

      Nainen synnytti salaa vessassa – raskaudesta tietämättömät vanhemmat havahtuivat pamaukseen

    8. 8

      Kolme povekasta blondia: Natalie, 45, sekoitetaan jatkuvasti tyttäriinsä – erotatko kuvista kuka on äiti?

    9. 9

      Patrik Laineen sydän on puhdasta kultaa – vastasi pienen fanin kirjeeseen ikimuistoisella tavalla

    10. 10

      Yksi kuoli rekan pudottua moottoritieltä Lohjalla – erikoinen tapahtumaketju johti karmeaan turmaan

    11. Näytä lisää

    Näitä luetaan!

    1. 1

      Juo aamulla vettä tyhjään vatsaan – 8 mahtavaa vaikutusta

    2. 2

      Serbian seksikkäin laulaja Milica, 25, purskahti korsetistaan ulos kesken keikan – yleisö villiintyi

    3. 3

      Kommentti: Käsittämätöntä toimintaa – Ampumahiihtoliitto alistui Kaisa Mäkäräisen vaatimuksesta

    4. 4

      Vuoden 2000 Renault Meganella ajava työtön Tommi, 36, kauhistui Bernerin suunnitelmasta: Valittava joko auto tai ruoka

    5. 5

      Bernerin selvitys sai soraääniä hallituksen sisältä – ministeri vastasi kritiikkiin: ”Henkilökohtaisesti olen tottunut siihen että...”

    6. Näytä lisää
    1. 1

      HS: Hyväkuntoisen 48-vuotiaan naisen työnhaku tyssäsi 30-vuotiaan ylipainoisen miehen päätökseen

    2. 2

      Yksi kuoli rekan pudottua moottoritieltä Lohjalla – erikoinen tapahtumaketju johti karmeaan turmaan

    3. 3

      Jaana, 54, sai Alkosta potkut pitkien kynsien takia: ”Tämän ikäiselle yksikätiselle naiselle ei töitä löydy”

    4. 4

      Poliisi sai tuoreita vihjeitä sarjahukuttajasta – ”Etsintäkuulutettu on nähty aivan äsken”

    5. 5

      Taksikuski Heikki otti kyytiin rahattoman muistisairaan – kotoa löytyi salkku täynnä käteistä

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Madonna julkaisi haarovälikuvan – Piers Morgan: ”Oksensin aamupalani”

    2. 2

      Poliisi ampui miehen maaliskuussa – vainajan autosta löytyi kolkko kirje

    3. 3

      Valesotilas yritti huijata – Tiina vedättikin takaisin: ”Naurettiin ukkoni kanssa niin, että mahaan koski”

    4. 4

      Häikäisevän kaunis morsian! Mika Häkkinen ja Marketa pääsivät poroajelun kyytiin – suloiset lapset mukana

    5. 5

      Mikan ja Marketan rakkaustarina – saksalaislehti paljasti kaunottaren menneisyyden

    6. Näytä lisää