Digitoday

Valikko

CSC tarjoaa mallinnusohjelmaa testikäyttöön

Tieteen tietotekniikan keskus CSC tarjoaa suomalaisille tutkijoille vuodeksi 2009 testikäyttöön Schrödingerin mallinnusympäristön, jonka nimi on Maestro.
CSC:n mukaan Maestro voidaan asentaa omalle Linux- tai Windows-työasemalle tai sitä voidaan käytttää CSC:n Hippu -palvelimelta. Maestro on pääasiassa tarkoitettu lääkesuunnitteluun, mutta soveltuu myös muuhun kemian mallinnukseen.

Vuonna 2009 CSC:n tarjoaa avoimen kansallisen lisenssin useaan eri molekyylimallinnusohjelmistoon. Toinen kaikille akateemisille käyttäjille avoin mallinnusympäristö on Accelrysin Materials Studio ja Discovery Studio. Konsortiojäsenille tarjotaan lisäksi Triposin Sybyl-ohjelmistoa.

Schrödinger
ja Maestro


CSC on hankkinut vuodeksi 2009 testikäyttöön Schrödingerin Maestro -proteiinimallitusympäristön. Hankinnan taustalla ovat useilta tutkijoilta tulleet ehdotukset Maestron lisäämisestä CSC:n ohjelmistovalikoimaan.

Maestro on samankaltainen mallinnusympäristö kuin esimerkiksi Accelrysin Discovery Studio tai Triposin Sybyl. Se sisältää useita ohjelmamoduleja proteiinimallinnukseen ja lääkeainesuunnitteluun, joita kaikkia voidaan hallita yhdellä käyttöliittymällä. Ohjelman vahvuuksia ovat telakointiohjelma Glide, QM/MM laskentaa hyödyntävä Qsite sekä uusi hyvin skaalautuva molekyylidynamiikkaohjelmisto Desmond.

Maestro voidaan asentaa tutkijoiden omiin Linux- ja Windows-koneisiin ja klustereihin. Tämän lisäksi se löytyy myös CSC:n uuteen sovelluspalvelimesta, hippu.csc.fi, josta sitä voi käyttää graafisella x-yhteydellä. Hippu avataan asiakaskäyttöön alkuvuodesta 2009.

Käyttäjäpalaute
on tärkeää


Maestro-ohjelmisto on vuonna 2009 vasta koekäytössä. Lisenssi on CSC:n mukaan kooltaan rajoitettu, mutta antaa silti suomalaisille tutkijoille mahdollisuuden hyödyntää ohjelmiston kaikkia toimintoja. Vuoden 2009 alkupuolella järjestetään Webex-koulutustilaisuuksia ohjelmiston tehokkaan käyttöönoton nopeuttamiseksi. Myöhemmin keväällä Schrödingerin asiantuntijat saapuvat Suomeen pitämään halutuista aiheista hands-on koulutustilaisuuksia.


Scrödinger-ohjelmiston mahdollinen tuleva lisenssi päätetään vuoden 2009 aikana saadun käyttäjäpalautteen ja ohjelmiston käyttöasteen perusteella. Schrödinger-paketin tuominen CSC:n lisenssivalikoimaan pysyvästi tarkoittaa todennäköisesti lisenssien karsimista muiden mallinnusohjelmistojen osalta. CSC:n tavoite on tarjota suomalaisille tutkijoille keskitetysti parhaat saatavilla olevat mallinnustyökalut tehokkaan tutkimuksen tekemiseen.

Lisätietoja Maestron moduleista ja ominaisuuksista löytyy Schrödingerin www-sivuilta: http://www.schrodinger.com

Kommentit

    Näytä lisää

    Näitä luetaan!

    1. 1

      Donald Trump kommentoi vihdoin Oscar-gaalan tapahtumia – ”Surullista”

    2. 2

      Diabetes on hiipivä sairaus – tunnista 20 kavalaa merkkiä

    3. 3

      Se hetki, kun Ryan Gosling tajuaa virheen – näyttelijältä verraton reaktio Oscar-sekoiluun

    4. 4

      Tv-katsojat hieraisivat silmiään: Anssi Kela näkyi neljällä kanavalla yhtä aikaa – ”Onko tässä enää mitään tolkkua”

    5. 5

      Malmössä räjähti – pommiryhmä lähetetty paikalle

    6. 6

      Joillakin uni tulee minuuteissa – näillä vinkeillä olet yksi heistä

    7. 7

      Haiseeko pyykkisi pahalta pesun jälkeen? Näin pääset hajuista eroon

    8. 8

      Näin Suomi kikyttää – eri alojen työntekijät kertovat, kuinka kiky-tunnit käytetään: ”Käymällä vessassa ajan kanssa tai keittämällä kahvit”

    9. 9

      ”Uimarenkaat omasta takaa” Katri Sorsan rehellinen kuva kertoo enemmän kuin tuhat sanaa

    10. 10

      Kokaiinilastista tuomittu paljasti vahingossa ekstaasijutun – poliisi takavarikoi järeitä aseita, miesjoukko matkustuskieltoon

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Sliipatun pukumiehen kodista paljastui mykistävä yllätys – toukat ryömivät isännöitsijää vastaan

    2. 2

      ”Uimarenkaat omasta takaa” Katri Sorsan rehellinen kuva kertoo enemmän kuin tuhat sanaa

    3. 3

      Petter Northugin viesti tv-kameran edessä Emil Iversenille: ”Hyvä, että kaadoit myös suomalaisen”

    4. 4

      Norjalaiset raivostuivat Emil Iversenin nöyryyttämisestä suorassa lähetyksessä

    5. 5

      Diabetes on hiipivä sairaus – tunnista 20 kavalaa merkkiä

    6. 6

      Helsinkiläismies eli niin kuin naistenlehdissä kehotettiin – tässä kuvassa hän lataa kotona akkuja

    7. 7

      Skandaali Oscareissa! Väärä elokuva julistettiin voittajaksi – paras elokuva olikin Moonlight

    8. 8

      Aino-Kaisa Saarinen kertoo hetkestä, jolloin hänen unelmansa romahti: ”Vastauksena oli hiljaisuus”

    9. 9

      Nokian murhaepäily: 17-vuotiaan tytön kuolinsyy selvisi

    10. 10

      Mieti ennen kuin ostat: Uudesta Nokia 3310 -puhelimesta paljastui paha puute

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Julkkiksilta sataa tukea rumaksi haukutulle Maria Veitolalle – Rakel Liekiltä tyhjentävä kommentti

    2. 2

      Helsinkiläinen Nina, 44, avautuu isäpuolen järkyttävistä teoista: ”Äiti katseli vierestä, mutta ei koskaan puuttunut”

    3. 3

      Kummisetä antoi 10-vuotiaalle tyttärelle lahjarahaa – Kela rokotti koko perheeltä 341,52 euroa/kk

    4. 4

      Traaginen onnettomuus Helsingissä – työkoneen kauha osui kävelijään, nainen kuoli vammoihinsa

    5. 5

      Marika saa Espanjassa pitkiä katseita – suomalaiset nimet, jotka eivät toimi ulkomailla

    6. 6

      Tarkista ja kuuntele: Mikä oli Suomen listaykkösenä, kun sinä synnyit?

    7. 7

      Yleinen virhe wc-pöntöllä: Tästä syystä pyttyyn jää helposti ”jarrutusjäljet”

    8. 8

      4 eri mitoilla varustettua miestä avautuu seksielämästään: ”Teen parhaani sillä, mitä minulla on”

    9. 9

      Anu Saagim haukkui Maria Veitolaa rumaksi suorassa lähetyksessä – Veitola harmistui studioyleisön reaktiosta: ”Yleisö nauraa ja taputtaa”

    10. 10

      Katri Sorsalta kuitti Anu Saagimille: ”Eestissä nainen näyttää herättyään tältä, meillä Suomessa tältä...”

    11. Näytä lisää

    Näitä luetaan!

    1. 1

      Donald Trump kommentoi vihdoin Oscar-gaalan tapahtumia – ”Surullista”

    2. 2

      Diabetes on hiipivä sairaus – tunnista 20 kavalaa merkkiä

    3. 3

      Se hetki, kun Ryan Gosling tajuaa virheen – näyttelijältä verraton reaktio Oscar-sekoiluun

    4. 4

      Tv-katsojat hieraisivat silmiään: Anssi Kela näkyi neljällä kanavalla yhtä aikaa – ”Onko tässä enää mitään tolkkua”

    5. 5

      Malmössä räjähti – pommiryhmä lähetetty paikalle

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Sliipatun pukumiehen kodista paljastui mykistävä yllätys – toukat ryömivät isännöitsijää vastaan

    2. 2

      ”Uimarenkaat omasta takaa” Katri Sorsan rehellinen kuva kertoo enemmän kuin tuhat sanaa

    3. 3

      Petter Northugin viesti tv-kameran edessä Emil Iversenille: ”Hyvä, että kaadoit myös suomalaisen”

    4. 4

      Norjalaiset raivostuivat Emil Iversenin nöyryyttämisestä suorassa lähetyksessä

    5. 5

      Diabetes on hiipivä sairaus – tunnista 20 kavalaa merkkiä

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Julkkiksilta sataa tukea rumaksi haukutulle Maria Veitolalle – Rakel Liekiltä tyhjentävä kommentti

    2. 2

      Helsinkiläinen Nina, 44, avautuu isäpuolen järkyttävistä teoista: ”Äiti katseli vierestä, mutta ei koskaan puuttunut”

    3. 3

      Kummisetä antoi 10-vuotiaalle tyttärelle lahjarahaa – Kela rokotti koko perheeltä 341,52 euroa/kk

    4. 4

      Traaginen onnettomuus Helsingissä – työkoneen kauha osui kävelijään, nainen kuoli vammoihinsa

    5. 5

      Marika saa Espanjassa pitkiä katseita – suomalaiset nimet, jotka eivät toimi ulkomailla

    6. Näytä lisää