Digitoday

Valikko

CSC tarjoaa mallinnusohjelmaa testikäyttöön

Tieteen tietotekniikan keskus CSC tarjoaa suomalaisille tutkijoille vuodeksi 2009 testikäyttöön Schrödingerin mallinnusympäristön, jonka nimi on Maestro.
CSC:n mukaan Maestro voidaan asentaa omalle Linux- tai Windows-työasemalle tai sitä voidaan käytttää CSC:n Hippu -palvelimelta. Maestro on pääasiassa tarkoitettu lääkesuunnitteluun, mutta soveltuu myös muuhun kemian mallinnukseen.

Vuonna 2009 CSC:n tarjoaa avoimen kansallisen lisenssin useaan eri molekyylimallinnusohjelmistoon. Toinen kaikille akateemisille käyttäjille avoin mallinnusympäristö on Accelrysin Materials Studio ja Discovery Studio. Konsortiojäsenille tarjotaan lisäksi Triposin Sybyl-ohjelmistoa.

Schrödinger
ja Maestro


CSC on hankkinut vuodeksi 2009 testikäyttöön Schrödingerin Maestro -proteiinimallitusympäristön. Hankinnan taustalla ovat useilta tutkijoilta tulleet ehdotukset Maestron lisäämisestä CSC:n ohjelmistovalikoimaan.

Maestro on samankaltainen mallinnusympäristö kuin esimerkiksi Accelrysin Discovery Studio tai Triposin Sybyl. Se sisältää useita ohjelmamoduleja proteiinimallinnukseen ja lääkeainesuunnitteluun, joita kaikkia voidaan hallita yhdellä käyttöliittymällä. Ohjelman vahvuuksia ovat telakointiohjelma Glide, QM/MM laskentaa hyödyntävä Qsite sekä uusi hyvin skaalautuva molekyylidynamiikkaohjelmisto Desmond.

Maestro voidaan asentaa tutkijoiden omiin Linux- ja Windows-koneisiin ja klustereihin. Tämän lisäksi se löytyy myös CSC:n uuteen sovelluspalvelimesta, hippu.csc.fi, josta sitä voi käyttää graafisella x-yhteydellä. Hippu avataan asiakaskäyttöön alkuvuodesta 2009.

Käyttäjäpalaute
on tärkeää


Maestro-ohjelmisto on vuonna 2009 vasta koekäytössä. Lisenssi on CSC:n mukaan kooltaan rajoitettu, mutta antaa silti suomalaisille tutkijoille mahdollisuuden hyödyntää ohjelmiston kaikkia toimintoja. Vuoden 2009 alkupuolella järjestetään Webex-koulutustilaisuuksia ohjelmiston tehokkaan käyttöönoton nopeuttamiseksi. Myöhemmin keväällä Schrödingerin asiantuntijat saapuvat Suomeen pitämään halutuista aiheista hands-on koulutustilaisuuksia.


Scrödinger-ohjelmiston mahdollinen tuleva lisenssi päätetään vuoden 2009 aikana saadun käyttäjäpalautteen ja ohjelmiston käyttöasteen perusteella. Schrödinger-paketin tuominen CSC:n lisenssivalikoimaan pysyvästi tarkoittaa todennäköisesti lisenssien karsimista muiden mallinnusohjelmistojen osalta. CSC:n tavoite on tarjota suomalaisille tutkijoille keskitetysti parhaat saatavilla olevat mallinnustyökalut tehokkaan tutkimuksen tekemiseen.

Lisätietoja Maestron moduleista ja ominaisuuksista löytyy Schrödingerin www-sivuilta: http://www.schrodinger.com

Kommentit

    Näytä lisää

    Näitä luetaan!

    1. 1

      Stubb opetti Trumpille faktoja Ruotsista – viesti sytytti kiivaan keskustelun

    2. 2

      JVG oli kolmella abiristeilyllä peräkkäin – VilleGalle, 29, huomannut muutosta nuorison käytöksessä

    3. 3

      Sastamalan kuolonkolarin 17-vuotiaita muistettiin suruhartaudessa ja nuorisotalolla – ”Kaikki ovat pää alhaalla”

    4. 4

      Maria Veitola mykistyy Saara Aallon prinsessamaailmasta: ”Onko Saara minkä asteen hörhö”

    5. 5

      21-vuotiaana Bond-elokuvien nuorin pahis – näin 50-vuotias Benicio del Toro on muuttunut

    6. 6

      Marco Bjurström arvioi Tanssii tähtien kanssa -parit – ”Huikea pari, jonka läsnäolo oli poikkeuksellisen vakuuttavaa”

    7. 7

      Bill Gates varoittaa: Tähän uhkaan ihmiskunta ei ole varautunut riittävästi, kymmenien miljoonien henki vaarassa

    8. 8

      Poliisi IS:lle: Tila-auto törmäsi ilmeisesti tahallaan, teinien mopoauto kohteeksi sattumalta

    9. 9

      Riipaiseva video: Mies kosi tyttöystäväänsä täydessä ostoskeskuksessa – romanttinen ele päättyi järkyttävään nöyryytykseen

    10. 10

      Kirsi Alm-Siiran muodokkaat sääret villitsivät Helena-Ahti Hallbergin: ”Vau, mitkä kintut sulla on!”

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Donald Trumpilta outo viittaus Ruotsiin: ”Katsokaa, mitä tapahtui eilen illalla Ruotsissa – kuka olisi uskonut?”

    2. 2

      Stubb opetti Trumpille faktoja Ruotsista – viesti sytytti kiivaan keskustelun

    3. 3

      Riipaiseva video: Mies kosi tyttöystäväänsä täydessä ostoskeskuksessa – romanttinen ele päättyi järkyttävään nöyryytykseen

    4. 4

      Bill Gates varoittaa: Tähän uhkaan ihmiskunta ei ole varautunut riittävästi, kymmenien miljoonien henki vaarassa

    5. 5

      Pekka Vähäsöyrinki tunnusti Mika Myllylän haudalla, milloin dopinginkäyttö alkoi: ”Siinä hetkessä annoin periksi”

    6. 6

      Kari, 69, sai tylyn päätöksen ajokortista – näin hän ratkaisi asian edukseen

    7. 7

      Poliisi IS:lle: Tila-auto törmäsi ilmeisesti tahallaan, teinien mopoauto kohteeksi sattumalta

    8. 8

      Poliisi epäilee henkirikosta – teinityttö ja -poika kuolivat nokkakolarissa Sastamalassa

    9. 9

      Poliisi epäilee: Mies yritti tappaa vaimonsa Kittilän Levillä – pariskunta ilmeisesti lomamatkalla

    10. 10

      Expressen: Tästäkö Trumpin Ruotsin-viittauksessa oli kyse?

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Prisman kassamyyjä sai pyörätuolimiehen itkemään Helsingissä – jonossa ollut Jatta riensi apuun: ”Olin niin kiukkuinen”

    2. 2

      Takavuosien seksisymboli Outi Alanen 50 vuotta – katosi tv:stä eikä saa näyttelijän töitä: ”En kuulu hyvä veli -verkostoon”

    3. 3

      Kauniin naisen tavallisen näköisestä Instagram-kuvasta yllättäen nettihitti: ”Kaikkien aikojen traagisin otos”

    4. 4

      Tutkijat tekivät pelottavan löydön merenpohjasta 10 kilometrin syvyydestä

    5. 5

      MTV: Saara Aalto kärsii kiusallisesta ja kivuliaasta naistentaudista: ”Ei parannuskeinoa”

    6. 6

      Nuori mies jäi kiinni pettämisestä nololla tavalla – typerä töppäys sosiaalisessa mediassa kavalsi

    7. 7

      Pekka Vähäsöyrinki tunnusti Mika Myllylän haudalla, milloin dopinginkäyttö alkoi: ”Siinä hetkessä annoin periksi”

    8. 8

      Mies teki klassisen virheen aamutuimaan – lattiat menivät pilalle

    9. 9

      Kanadan hurmuriministeri sai Ivanka Trumpin pasmat sekaisin – flirttaileva kuva leviää vauhdilla

    10. 10

      Jasse-vauva lakkasi hengittämästä, isä ei epäröinyt hetkeäkään – ”Hän rakasti meidän pojan henkiin”

    11. Näytä lisää

    Näitä luetaan!

    1. 1

      Stubb opetti Trumpille faktoja Ruotsista – viesti sytytti kiivaan keskustelun

    2. 2

      JVG oli kolmella abiristeilyllä peräkkäin – VilleGalle, 29, huomannut muutosta nuorison käytöksessä

    3. 3

      Sastamalan kuolonkolarin 17-vuotiaita muistettiin suruhartaudessa ja nuorisotalolla – ”Kaikki ovat pää alhaalla”

    4. 4

      Maria Veitola mykistyy Saara Aallon prinsessamaailmasta: ”Onko Saara minkä asteen hörhö”

    5. 5

      21-vuotiaana Bond-elokuvien nuorin pahis – näin 50-vuotias Benicio del Toro on muuttunut

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Donald Trumpilta outo viittaus Ruotsiin: ”Katsokaa, mitä tapahtui eilen illalla Ruotsissa – kuka olisi uskonut?”

    2. 2

      Stubb opetti Trumpille faktoja Ruotsista – viesti sytytti kiivaan keskustelun

    3. 3

      Riipaiseva video: Mies kosi tyttöystäväänsä täydessä ostoskeskuksessa – romanttinen ele päättyi järkyttävään nöyryytykseen

    4. 4

      Bill Gates varoittaa: Tähän uhkaan ihmiskunta ei ole varautunut riittävästi, kymmenien miljoonien henki vaarassa

    5. 5

      Pekka Vähäsöyrinki tunnusti Mika Myllylän haudalla, milloin dopinginkäyttö alkoi: ”Siinä hetkessä annoin periksi”

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Prisman kassamyyjä sai pyörätuolimiehen itkemään Helsingissä – jonossa ollut Jatta riensi apuun: ”Olin niin kiukkuinen”

    2. 2

      Takavuosien seksisymboli Outi Alanen 50 vuotta – katosi tv:stä eikä saa näyttelijän töitä: ”En kuulu hyvä veli -verkostoon”

    3. 3

      Kauniin naisen tavallisen näköisestä Instagram-kuvasta yllättäen nettihitti: ”Kaikkien aikojen traagisin otos”

    4. 4

      Tutkijat tekivät pelottavan löydön merenpohjasta 10 kilometrin syvyydestä

    5. 5

      MTV: Saara Aalto kärsii kiusallisesta ja kivuliaasta naistentaudista: ”Ei parannuskeinoa”

    6. Näytä lisää