Mobiili

Valikko

Atomeja kuvantava ohjelmistoratkaisu laskennalliseen kemiaan

Tieteen tietotekniikan keskus CSC verkkosivuilleen avaaman gOpenMol-ohjelmistopalvelun avulla voidaan visualisoida ja analysoida molekyylien rakenteita ja ominaisuuksia. Ohjelmalla voi piirtää erilaisia pintoja, jotka kuvaavat esimerkiksi molekyylin ympäröivää potentiaalikenttää tai elektronitiheyttä. gOpenMol-työkalupakilla voi niin ikään tarkastella ja analysoida dynaamisia ajasta riippuvia tapahtumia molekyylien rakenteessa tai ominaisuuksissa sekä tehdä tästä animaation.
CSC:n mukaan kemistit tarvitsevat kipeästi tietokoneohjelmia, joilla voidaan mahdollisimman helppokäyttöisesti rakentaa molekyylejä kuvaputkella ja muuttaa niitä poistamalla tai lisäämällä atomeja.

Kun tarkastelun kohteena olevaan molekyyliin, joka voi olla uusi lääkemolekyyli tai proteiini, tehdään muutoksia saattaa sillä olla suuriakin vaikutuksia molekyylin ominaisuuksiin. Näiden vaikutusten kuvaamiseen ja näkemiseen tarvitaan taas tietokonegrafiikan kuvantamismahdollisuuksia.

Tietokone tekee tulkintoja siitä miltä materia näyttää atomien tasolla.

Laskentapalvelimilla olevat laskennallisen kemian ohjelmat tuottavat ison määrän numeroita, joita on vaikea tulkita ja ymmärtää ellei niitä voida pukea kuvalliseen muotoon. gOpenMol -työkalupakin avulla voi kuvata molekyylejä erilaisin tavoin tikkumalleista aina pallomalleihin.

Mahdollista omien osien lisääminen ohjelmaan

- gOpenMolissa käytetään tehokasta Tcl/Tk -ohjelmointikieltä, joka mahdollistaa omien osien lisäämistä ohjelmaan tai käyttöliittymän muokkausta omien tarpeiden mukaiseksi, toteaa ohjelman rakentanut kehityspäällikkö Leif Laaksonen CSC:stä.

Laaksosen mukaan gOpenMol -työkalupakki on helposti muokattavissa ja laajennettavissa vastaamaan omia käyttötarpeita. Tämän takia monet tutkijat käyttävät ohjelmaa omien laskennallisten ohjelmiensa visualisointi- ja analysointityökaluna.

gOpenMol-ohjelmaa voivat käyttää ilmaiseksi niin korkeakoulujen kuin teollisuuden edustajat. Ohjelman lähdekoodi jaetaan ohjelman mukana. Mutta ohjelmaa ei voi jakaa eteenpäin ansaintamallilla. Ohjelman tekijänoikeudet ovat Leif Laaksosella.

CSC on opetusministeriön omistama tieteen tietotekniikan keskus. Tutkijat voivat käyttää CSC:ssä sijaitsevia Suomen laajinta tieteellisten ohjelmistojen ja tieteen tietokantojen valikoimaa sekä Suomen tehokkainta superlaskentaympäristöä CSC:n ylläpitämien Funet-tietoliikenneyhteyksien kautta.

Kommentit

    Näytä lisää

    Näitä luetaan!

    1. 1

      Häkellyttävä ennen ja jälkeen -kuva: Kylie Jennerin, 19, povi kasvoi ja takamus pyöristyi – lopputuloksella vitsaillaan somessa

    2. 2

      Näin Emil Iversen perusteli törmäykseen johtanutta ratkaisuaan heti kisan jälkeen

    3. 3

      IS seuraa Oscar-yötä: Tätä kaikkea on luvassa – yksi Hollywood-tähti on joukosta poissa

    4. 4

      Mitkä sääret! Julmaa kritiikkiä saanut Hanna Sumari, 58, tanssi ylpeänä minimekossa – esitys meni mönkään: ”Olit pihalla koko ajan”

    5. 5

      Kaj Kunnas suosikkiohjelman kulisseissa: ”Jos Iivo olisi valinnut toisin, kultaa olisi tullut”

    6. 6

      Marika saa Espanjassa pitkiä katseita – suomalaiset nimet, jotka eivät toimi ulkomailla

    7. 7

      Levoton ongelmalähiö vai mainettaan parempi paikka? – IS vieraili Malmön pahamaineisessa Rosengårdissa

    8. 8

      4 eri mitoilla varustettua miestä avautuu seksielämästään: ”Teen parhaani sillä, mitä minulla on”

    9. 9

      Iivo Niskanen paljasti Ylellä, mitä sanoi Norjan tähtihiihtäjälle maalissa – Sami Jauhojärvi latasi perään täyslaidallisen

    10. 10

      TTK-tähti pidätteli itkua suorassa lähetyksessä – Jorma Uotisen henkilökohtainen palaute sai liikuttumaan

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Marika saa Espanjassa pitkiä katseita – suomalaiset nimet, jotka eivät toimi ulkomailla

    2. 2

      Iivo Niskanen paljasti Ylellä, mitä sanoi Norjan tähtihiihtäjälle maalissa – Sami Jauhojärvi latasi perään täyslaidallisen

    3. 3

      4 eri mitoilla varustettua miestä avautuu seksielämästään: ”Teen parhaani sillä, mitä minulla on”

    4. 4

      Iivo Niskasen kaatanut Emil Iversen haluaa kotiin Lahden MM-kisoista – Norjan päävalmentajalta täystyrmäys

    5. 5

      38-vuotiaasta ostos-tv:n emännästä nousi mieletön seksisymboli – ”Muistuttaa ajasta ennen internetiä”

    6. 6

      Nainen lähetti exälleen anteeksipyynnön – mies palautti kirjeen punakynämerkinnöillä, some sekosi

    7. 7

      Näin Emil Iversen perusteli törmäykseen johtanutta ratkaisuaan heti kisan jälkeen

    8. 8

      Törmäys norjalaisen kanssa vei Suomelta MM-kullan – Iivo Niskanen kirosi maaliviivalla

    9. 9

      Venäjän hiihtomaajoukkueessa kytee mehevä riita – supertähti nöyryytti sprinttipariaan julkisesti

    10. 10

      Terhi Kiemungille potkut perussuomalaisista

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Julkkiksilta sataa tukea rumaksi haukutulle Maria Veitolalle – Rakel Liekiltä tyhjentävä kommentti

    2. 2

      Helsinkiläinen Nina, 44, avautuu isäpuolen järkyttävistä teoista: ”Äiti katseli vierestä, mutta ei koskaan puuttunut”

    3. 3

      Kummisetä antoi 10-vuotiaalle tyttärelle lahjarahaa – Kela rokotti koko perheeltä 341,52 euroa/kk

    4. 4

      Traaginen onnettomuus Helsingissä – työkoneen kauha osui kävelijään, nainen kuoli vammoihinsa

    5. 5

      Tarkista ja kuuntele: Mikä oli Suomen listaykkösenä, kun sinä synnyit?

    6. 6

      Yleinen virhe wc-pöntöllä: Tästä syystä pyttyyn jää helposti ”jarrutusjäljet”

    7. 7

      Anu Saagim haukkui Maria Veitolaa rumaksi suorassa lähetyksessä – Veitola harmistui studioyleisön reaktiosta: ”Yleisö nauraa ja taputtaa”

    8. 8

      Nokialla pahoinpidelty 17-vuotias tyttö on kuollut

    9. 9

      Marika saa Espanjassa pitkiä katseita – suomalaiset nimet, jotka eivät toimi ulkomailla

    10. 10

      Poliisin kuvat: palkitun kissakasvattajan pakastimesta löytyi karmea yllätys – ”Pyörryin, kun sain puhelun”

    11. Näytä lisää

    Näitä luetaan!

    1. 1

      Häkellyttävä ennen ja jälkeen -kuva: Kylie Jennerin, 19, povi kasvoi ja takamus pyöristyi – lopputuloksella vitsaillaan somessa

    2. 2

      Näin Emil Iversen perusteli törmäykseen johtanutta ratkaisuaan heti kisan jälkeen

    3. 3

      IS seuraa Oscar-yötä: Tätä kaikkea on luvassa – yksi Hollywood-tähti on joukosta poissa

    4. 4

      Mitkä sääret! Julmaa kritiikkiä saanut Hanna Sumari, 58, tanssi ylpeänä minimekossa – esitys meni mönkään: ”Olit pihalla koko ajan”

    5. 5

      Kaj Kunnas suosikkiohjelman kulisseissa: ”Jos Iivo olisi valinnut toisin, kultaa olisi tullut”

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Marika saa Espanjassa pitkiä katseita – suomalaiset nimet, jotka eivät toimi ulkomailla

    2. 2

      Iivo Niskanen paljasti Ylellä, mitä sanoi Norjan tähtihiihtäjälle maalissa – Sami Jauhojärvi latasi perään täyslaidallisen

    3. 3

      4 eri mitoilla varustettua miestä avautuu seksielämästään: ”Teen parhaani sillä, mitä minulla on”

    4. 4

      Iivo Niskasen kaatanut Emil Iversen haluaa kotiin Lahden MM-kisoista – Norjan päävalmentajalta täystyrmäys

    5. 5

      38-vuotiaasta ostos-tv:n emännästä nousi mieletön seksisymboli – ”Muistuttaa ajasta ennen internetiä”

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Julkkiksilta sataa tukea rumaksi haukutulle Maria Veitolalle – Rakel Liekiltä tyhjentävä kommentti

    2. 2

      Helsinkiläinen Nina, 44, avautuu isäpuolen järkyttävistä teoista: ”Äiti katseli vierestä, mutta ei koskaan puuttunut”

    3. 3

      Kummisetä antoi 10-vuotiaalle tyttärelle lahjarahaa – Kela rokotti koko perheeltä 341,52 euroa/kk

    4. 4

      Traaginen onnettomuus Helsingissä – työkoneen kauha osui kävelijään, nainen kuoli vammoihinsa

    5. 5

      Tarkista ja kuuntele: Mikä oli Suomen listaykkösenä, kun sinä synnyit?

    6. Näytä lisää