Mobiili

Valikko

Atomeja kuvantava ohjelmistoratkaisu laskennalliseen kemiaan

Tieteen tietotekniikan keskus CSC verkkosivuilleen avaaman gOpenMol-ohjelmistopalvelun avulla voidaan visualisoida ja analysoida molekyylien rakenteita ja ominaisuuksia. Ohjelmalla voi piirtää erilaisia pintoja, jotka kuvaavat esimerkiksi molekyylin ympäröivää potentiaalikenttää tai elektronitiheyttä. gOpenMol-työkalupakilla voi niin ikään tarkastella ja analysoida dynaamisia ajasta riippuvia tapahtumia molekyylien rakenteessa tai ominaisuuksissa sekä tehdä tästä animaation.
CSC:n mukaan kemistit tarvitsevat kipeästi tietokoneohjelmia, joilla voidaan mahdollisimman helppokäyttöisesti rakentaa molekyylejä kuvaputkella ja muuttaa niitä poistamalla tai lisäämällä atomeja.

Kun tarkastelun kohteena olevaan molekyyliin, joka voi olla uusi lääkemolekyyli tai proteiini, tehdään muutoksia saattaa sillä olla suuriakin vaikutuksia molekyylin ominaisuuksiin. Näiden vaikutusten kuvaamiseen ja näkemiseen tarvitaan taas tietokonegrafiikan kuvantamismahdollisuuksia.

Tietokone tekee tulkintoja siitä miltä materia näyttää atomien tasolla.

Laskentapalvelimilla olevat laskennallisen kemian ohjelmat tuottavat ison määrän numeroita, joita on vaikea tulkita ja ymmärtää ellei niitä voida pukea kuvalliseen muotoon. gOpenMol -työkalupakin avulla voi kuvata molekyylejä erilaisin tavoin tikkumalleista aina pallomalleihin.

Mahdollista omien osien lisääminen ohjelmaan

- gOpenMolissa käytetään tehokasta Tcl/Tk -ohjelmointikieltä, joka mahdollistaa omien osien lisäämistä ohjelmaan tai käyttöliittymän muokkausta omien tarpeiden mukaiseksi, toteaa ohjelman rakentanut kehityspäällikkö Leif Laaksonen CSC:stä.

Laaksosen mukaan gOpenMol -työkalupakki on helposti muokattavissa ja laajennettavissa vastaamaan omia käyttötarpeita. Tämän takia monet tutkijat käyttävät ohjelmaa omien laskennallisten ohjelmiensa visualisointi- ja analysointityökaluna.

gOpenMol-ohjelmaa voivat käyttää ilmaiseksi niin korkeakoulujen kuin teollisuuden edustajat. Ohjelman lähdekoodi jaetaan ohjelman mukana. Mutta ohjelmaa ei voi jakaa eteenpäin ansaintamallilla. Ohjelman tekijänoikeudet ovat Leif Laaksosella.

CSC on opetusministeriön omistama tieteen tietotekniikan keskus. Tutkijat voivat käyttää CSC:ssä sijaitsevia Suomen laajinta tieteellisten ohjelmistojen ja tieteen tietokantojen valikoimaa sekä Suomen tehokkainta superlaskentaympäristöä CSC:n ylläpitämien Funet-tietoliikenneyhteyksien kautta.

Kommentit

    Näytä lisää

    Näitä luetaan!

    1. 1

      Teloituksessa kammottava käänne Alabamassa – teloitettava avasi silmänsä ja haukkoi henkeään

    2. 2

      Kuhmossa iso poliisioperaatio – partioita Oulun ja Itä-Suomen poliisista

    3. 3

      Mies piti vaimoaan vankina Missourissa – postipakettiin kirjoitettu avunpyyntö pelasti

    4. 4

      Kauniista ja rohkeista tuttu näyttelijä menehtyi – yli 2000 jakson elämäntyö saippuaoopperoissa

    5. 5

      Sisäpiirin paljastus: Saara Aallolle maksetaan Lontoossa kaikki, Meri-rakas ja ystävät sinnittelevät – ”Hyödynnämme tarjouksia”

    6. 6

      Myrkyttääkö narsisti elämääsi? 7 varoitusmerkkiä

    7. 7

      Alusvaatemalli Alyssa, 20, matkustelee maailman luksuskohteisiin ilmaiseksi – vanhemmat miehet kuittaavat kulut: ”Tuntuu hyvältä, kun kaikki maksetaan”

    8. 8

      Italialaisen mallikaunottaren, 42, härski alastonkuva kauhistuttaa faneja – pani isäpuolensa ja näyttelijä-äitinsä ikuistamaan itsensä jooga-asennossa

    9. 9

      Trump poseeraa Time-lehden kannessa – somessa huomattiin heti: Kuvaan piilotettiin viesti paholaisesta ja viittaus Hitleriin?

    10. 10

      Patrik Laine solmi merkittävän varustesopimuksen – nousee heti keskeiseksi osaksi markkinointia

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Suuri lihapullatesti oli yhden pienen pyörykän ylivoimaa – ”Heittämällä paras”

    2. 2

      Äidin tekemä Excel-taulukko paljasti kylmän totuuden Nikon tilanteesta – näin poika kuittasi 50 000 € velat

    3. 3

      Psykoosiin ajautunut Kanye West palasi julkisuuteen muuttuneena – ensimmäinen kuva räppäristä poistettiin Instagramista nopeasti

    4. 4

      Aasialaismiehen passikuva hylättiin äärimmäisen kiusallisesta syystä

    5. 5

      Kolme lasta ja äiti kuolivat tulipalossa Helsingin Vuosaaressa – näin tapahtumat etenivät

    6. 6

      Vuosaaren paloasunnossa ei ollut palovaroitinta – äiti ja lapset kuolivat, perheen isä kuuli suruviestin töissä

    7. 7

      Näin Patrik Laine asuu Winnipegissä – ”Just ja just osaan käyttää mikroa”

    8. 8

      Poliisi kertoi lisää Vuosaaren tragediasta: nuorin uhri 2-vuotias, suurimmat tuhot saunassa

    9. 9

      Juho muutti Espanjaan – kämppä on kylmä ja kallis, eikä ilman villasukkia pärjää: ”Välillä pyyhkäisen hometta seinistä”

    10. 10

      Salkkarit-kaunotar rohkeassa kuvassa – rinnat paistavat läpi henkäyksen ohuesta asusta

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Poliisi IS:lle: Tällainen tausta Imatran epäillyllä 23-vuotiaalla kolmoismurhaajalla on

    2. 2

      Salkkarit-kaunotar rohkeassa kuvassa – rinnat paistavat läpi henkäyksen ohuesta asusta

    3. 3

      WhatsApp katoaa miljoonista puhelimista – katso, onko omasi listalla

    4. 4

      Hänellä oli Linnan juhlien rohkein iltapuku – IS:n lukijat äänestivät illan räväyttävimmän pukeutujan

    5. 5

      Robinin, 18, Linnan juhlat -asussa mukana yksityiskohta, joka jäi monilta huomaamatta – presidentiltä erityinen pyyntö kättelyjonossa

    6. 6

      Tuulenvire paljasti Donald Trumpin omituisen ”asumokan” – netti sekosi lentokentältä napatusta kuvasta

    7. 7

      Todelliset syyt, joiden vuoksi naiset voihkivat seksin aikana

    8. 8

      Raivostunut Matti Nykänen perui keikkansa Kanarialla – ravintola joutui maksumieheksi: ”V**ut minä mitään keikkaa vedä”

    9. 9

      Linnan jatkoilla nousi hässäkkä – Heikki Lampela ja Hanna Kärpänen sisään vahvassa juhlatunnelmassa: ”Haluan seikkailuja”

    10. 10

      Matti Vanhasen tyrmäävä naisystävä Heidi säväytti Linnassa – sahaperijättären mekko paljasti dekolteen

    11. Näytä lisää

    Näitä luetaan!

    1. 1

      Teloituksessa kammottava käänne Alabamassa – teloitettava avasi silmänsä ja haukkoi henkeään

    2. 2

      Kuhmossa iso poliisioperaatio – partioita Oulun ja Itä-Suomen poliisista

    3. 3

      Mies piti vaimoaan vankina Missourissa – postipakettiin kirjoitettu avunpyyntö pelasti

    4. 4

      Kauniista ja rohkeista tuttu näyttelijä menehtyi – yli 2000 jakson elämäntyö saippuaoopperoissa

    5. 5

      Sisäpiirin paljastus: Saara Aallolle maksetaan Lontoossa kaikki, Meri-rakas ja ystävät sinnittelevät – ”Hyödynnämme tarjouksia”

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Suuri lihapullatesti oli yhden pienen pyörykän ylivoimaa – ”Heittämällä paras”

    2. 2

      Äidin tekemä Excel-taulukko paljasti kylmän totuuden Nikon tilanteesta – näin poika kuittasi 50 000 € velat

    3. 3

      Psykoosiin ajautunut Kanye West palasi julkisuuteen muuttuneena – ensimmäinen kuva räppäristä poistettiin Instagramista nopeasti

    4. 4

      Aasialaismiehen passikuva hylättiin äärimmäisen kiusallisesta syystä

    5. 5

      Kolme lasta ja äiti kuolivat tulipalossa Helsingin Vuosaaressa – näin tapahtumat etenivät

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Poliisi IS:lle: Tällainen tausta Imatran epäillyllä 23-vuotiaalla kolmoismurhaajalla on

    2. 2

      Salkkarit-kaunotar rohkeassa kuvassa – rinnat paistavat läpi henkäyksen ohuesta asusta

    3. 3

      WhatsApp katoaa miljoonista puhelimista – katso, onko omasi listalla

    4. 4

      Hänellä oli Linnan juhlien rohkein iltapuku – IS:n lukijat äänestivät illan räväyttävimmän pukeutujan

    5. 5

      Robinin, 18, Linnan juhlat -asussa mukana yksityiskohta, joka jäi monilta huomaamatta – presidentiltä erityinen pyyntö kättelyjonossa

    6. Näytä lisää