Mobiili

Valikko

Atomeja kuvantava ohjelmistoratkaisu laskennalliseen kemiaan

Tieteen tietotekniikan keskus CSC verkkosivuilleen avaaman gOpenMol-ohjelmistopalvelun avulla voidaan visualisoida ja analysoida molekyylien rakenteita ja ominaisuuksia. Ohjelmalla voi piirtää erilaisia pintoja, jotka kuvaavat esimerkiksi molekyylin ympäröivää potentiaalikenttää tai elektronitiheyttä. gOpenMol-työkalupakilla voi niin ikään tarkastella ja analysoida dynaamisia ajasta riippuvia tapahtumia molekyylien rakenteessa tai ominaisuuksissa sekä tehdä tästä animaation.
CSC:n mukaan kemistit tarvitsevat kipeästi tietokoneohjelmia, joilla voidaan mahdollisimman helppokäyttöisesti rakentaa molekyylejä kuvaputkella ja muuttaa niitä poistamalla tai lisäämällä atomeja.

Kun tarkastelun kohteena olevaan molekyyliin, joka voi olla uusi lääkemolekyyli tai proteiini, tehdään muutoksia saattaa sillä olla suuriakin vaikutuksia molekyylin ominaisuuksiin. Näiden vaikutusten kuvaamiseen ja näkemiseen tarvitaan taas tietokonegrafiikan kuvantamismahdollisuuksia.

Tietokone tekee tulkintoja siitä miltä materia näyttää atomien tasolla.

Laskentapalvelimilla olevat laskennallisen kemian ohjelmat tuottavat ison määrän numeroita, joita on vaikea tulkita ja ymmärtää ellei niitä voida pukea kuvalliseen muotoon. gOpenMol -työkalupakin avulla voi kuvata molekyylejä erilaisin tavoin tikkumalleista aina pallomalleihin.

Mahdollista omien osien lisääminen ohjelmaan

- gOpenMolissa käytetään tehokasta Tcl/Tk -ohjelmointikieltä, joka mahdollistaa omien osien lisäämistä ohjelmaan tai käyttöliittymän muokkausta omien tarpeiden mukaiseksi, toteaa ohjelman rakentanut kehityspäällikkö Leif Laaksonen CSC:stä.

Laaksosen mukaan gOpenMol -työkalupakki on helposti muokattavissa ja laajennettavissa vastaamaan omia käyttötarpeita. Tämän takia monet tutkijat käyttävät ohjelmaa omien laskennallisten ohjelmiensa visualisointi- ja analysointityökaluna.

gOpenMol-ohjelmaa voivat käyttää ilmaiseksi niin korkeakoulujen kuin teollisuuden edustajat. Ohjelman lähdekoodi jaetaan ohjelman mukana. Mutta ohjelmaa ei voi jakaa eteenpäin ansaintamallilla. Ohjelman tekijänoikeudet ovat Leif Laaksosella.

CSC on opetusministeriön omistama tieteen tietotekniikan keskus. Tutkijat voivat käyttää CSC:ssä sijaitsevia Suomen laajinta tieteellisten ohjelmistojen ja tieteen tietokantojen valikoimaa sekä Suomen tehokkainta superlaskentaympäristöä CSC:n ylläpitämien Funet-tietoliikenneyhteyksien kautta.

Kommentit

    Näytä lisää

    Näitä luetaan!

    1. 1

      Ministeriön julkaisema kuva paljastaa – näin autoveron poistuminen vaikuttaa hintaan

    2. 2

      HS: Hyväkuntoisen 48-vuotiaan naisen työnhaku tyssäsi 30-vuotiaan ylipainoisen miehen päätökseen

    3. 3

      Autoveron poistaminen laskisi autojen hintoja jopa tuhansilla euroilla – katso 50 suosikkiauton lista

    4. 4

      ISTV LIVE JUURI NYT: Berner paljastaa kohutut suunnitelmansa – ”Valtava muutos”

    5. 5

      Reino Nordin kärysi poliisille huumeista, 3 epäiltyä rikosnimikettä – ”Päihtyneenä en ole ajanut”

    6. 6

      Taksikuski Heikki otti kyytiin rahattoman muistisairaan – kotoa löytyi salkku täynnä käteistä

    7. 7

      Ilkka: Näin Jari-Matti Latvala kertoi Maisa Torpasta äidilleen: ”Toivon, että et harmistu”

    8. 8

      Tästä kirjeestä perintäyhtiö yritti veloittaa 397 euroa – ”Maan tapa”

    9. 9

      Lumivyöry iskeytyi hotelliin Italiassa – useita kuolleita

    10. 10

      Jouni Hynynen Annalle Mari Perankoskesta – tiesi heti suhteen toimivan: ”Marilla on niin hyvä peppu”

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Yksi kuoli rekan pudottua moottoritieltä Lohjalla – erikoinen tapahtumaketju johti karmeaan turmaan

    2. 2

      Jaana, 54, sai Alkosta potkut pitkien kynsien takia: ”Tämän ikäiselle yksikätiselle naiselle ei töitä löydy”

    3. 3

      Yle paljasti jo: Autovero pois – ajoneuvo- ja polttoaineveroja lasketaan

    4. 4

      Axl Smith kirjoitti someen uhmakkaasti – uhrit ahdistuivat: ”Osa on kokenut uhkaavana”

    5. 5

      Pizzalähettiä odotti imatralaisen kodin ovella harvinaisen röyhkeä kohtelu – kolmen pizzan hinnaksi tuli lopulta yli 350 euroa

    6. 6

      Poliisi sai tuoreita vihjeitä sarjahukuttajasta – ”Etsintäkuulutettu on nähty aivan äsken”

    7. 7

      Miss Plus Size -kisan kurvikuningatar Marjaana, 34: Tällä hekumallisella kuvalla houkuttelin mieheni kiireesti kotiin iltariennoista

    8. 8

      Tänään tv:ssä: Pihla Viitala täysin alastomana Hollywood-debyyttissään: ”En saanut silmiäni irti hänestä”

    9. 9

      Tällainen on Bernerin esitys: Autot halpenevat, ajaminen kallistuu, mustia laatikoita ei tule...

    10. 10

      Carola Häggkvistiltä, 50, yllättävä paljastus: Ei ole harrastanut seksiä 14 vuoteen

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Madonna julkaisi haarovälikuvan – Piers Morgan: ”Oksensin aamupalani”

    2. 2

      Poliisi ampui miehen maaliskuussa – vainajan autosta löytyi kolkko kirje

    3. 3

      Valesotilas yritti huijata – Tiina vedättikin takaisin: ”Naurettiin ukkoni kanssa niin, että mahaan koski”

    4. 4

      Häikäisevän kaunis morsian! Mika Häkkinen ja Marketa pääsivät poroajelun kyytiin – suloiset lapset mukana

    5. 5

      Mikan ja Marketan rakkaustarina – saksalaislehti paljasti kaunottaren menneisyyden

    6. 6

      Perhe etsii vastausta kammottavaan kuvaan – mitä tai mikä ilmestyi yhtäkkiä yöllä kotipihalla otettuun valokuvaan?

    7. 7

      Nainen synnytti salaa vessassa – raskaudesta tietämättömät vanhemmat havahtuivat pamaukseen

    8. 8

      Kolme povekasta blondia: Natalie, 45, sekoitetaan jatkuvasti tyttäriinsä – erotatko kuvista kuka on äiti?

    9. 9

      Patrik Laineen sydän on puhdasta kultaa – vastasi pienen fanin kirjeeseen ikimuistoisella tavalla

    10. 10

      Suomalaisten kasvoilla näkyvä silmälasimalli on auttamattomasti out

    11. Näytä lisää

    Näitä luetaan!

    1. 1

      Ministeriön julkaisema kuva paljastaa – näin autoveron poistuminen vaikuttaa hintaan

    2. 2

      HS: Hyväkuntoisen 48-vuotiaan naisen työnhaku tyssäsi 30-vuotiaan ylipainoisen miehen päätökseen

    3. 3

      Autoveron poistaminen laskisi autojen hintoja jopa tuhansilla euroilla – katso 50 suosikkiauton lista

    4. 4

      ISTV LIVE JUURI NYT: Berner paljastaa kohutut suunnitelmansa – ”Valtava muutos”

    5. 5

      Reino Nordin kärysi poliisille huumeista, 3 epäiltyä rikosnimikettä – ”Päihtyneenä en ole ajanut”

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Yksi kuoli rekan pudottua moottoritieltä Lohjalla – erikoinen tapahtumaketju johti karmeaan turmaan

    2. 2

      Jaana, 54, sai Alkosta potkut pitkien kynsien takia: ”Tämän ikäiselle yksikätiselle naiselle ei töitä löydy”

    3. 3

      Yle paljasti jo: Autovero pois – ajoneuvo- ja polttoaineveroja lasketaan

    4. 4

      Axl Smith kirjoitti someen uhmakkaasti – uhrit ahdistuivat: ”Osa on kokenut uhkaavana”

    5. 5

      Pizzalähettiä odotti imatralaisen kodin ovella harvinaisen röyhkeä kohtelu – kolmen pizzan hinnaksi tuli lopulta yli 350 euroa

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Madonna julkaisi haarovälikuvan – Piers Morgan: ”Oksensin aamupalani”

    2. 2

      Poliisi ampui miehen maaliskuussa – vainajan autosta löytyi kolkko kirje

    3. 3

      Valesotilas yritti huijata – Tiina vedättikin takaisin: ”Naurettiin ukkoni kanssa niin, että mahaan koski”

    4. 4

      Häikäisevän kaunis morsian! Mika Häkkinen ja Marketa pääsivät poroajelun kyytiin – suloiset lapset mukana

    5. 5

      Mikan ja Marketan rakkaustarina – saksalaislehti paljasti kaunottaren menneisyyden

    6. Näytä lisää