Digitoday

Valikko

Chipster-ohjelmisto pääsee suomalaisten yliopistojen ulkopuolelle

Chipster-ohjelmiston käyttömahdollisuus laajenee suomalaisten yliopistojen ulkopuolelle, ilmoittaa Tieteen tietotekniikan keskus CSC.
Chipster on CSC:n kehittämä ohjelmisto DNA-sirudatan analysointiin.

DNA-siruanalyysi on CSC:n mukaan erittäin nopeasti kehittyvä ala, ja suuri osa kehitetyistä menetelmistä julkaistaan kansainvälisessä Bioconductor-projektissa. Projektissa julkaistut analyysimenetelmät ovat vapaasti saatavilla, mutta niiden hyödyntäminen edellyttää R-ohjelmointikielen osaamista. Tämä rajoittaa menetelmien käyttöä, sillä sirututkijoilla on tyypillisesti bio- tai lääketiedetausta eikä ohjelmointikokemusta. Suomalaisnäkökulman mukaan Chipster-ohjelmisto tuo valikoiman uusimpia analyysimenetelmiä kaikkien ulottuville graafisen käyttöliittymänsä avulla.

CSC arvioi, että keväällä 2008 julkaistu Chipster-ohjelmisto on herättänyt laajaa kansainvälistä kiinnostusta. Tähän asti vain suomalaisten yliopistojen tutkijat ovat voineet käyttää Chipsteriä, mutta suuren suosion vuoksi nyt myös muut voivat hankkia Chipsterin käyttöoikeuden maksua vastaan.

Käyttoikeus
300 eurolla


Tutkijat suomalaisissa tutkimuslaitoksissa sekä ulkomaalaisissa yliopistoissa ja tutkimuslaitoksissa saavat Chipster-ohjelmiston akateemisen käyttöoikeuden käyttäjäkohtaista 300 euron vuosimaksua vastaan. Käyttöoikeus pitää sisällään käyttäjätunnuksen CSC:n palvelimilla ajettavaan Chipster-ohjelmistoon sekä 500 CPU-tuntia laskenta-aikaa. Suomalaisten yliopistojen ja ammattikorkeakoulujen tutkijoille Chipster säilyy edelleen opetusministeriön kustantamana palveluna.

Chipsterin graafinen asiakasohjelmisto toimii käyttäjän koneella, ja varsinaiset analyysityöt ajetaan CSC:n laskentapalvelimilla. Chipster tukee useimpia sirutyyppejä, ja Java-ohjelmana se toimii Windows-, Mac- ja Linux -ympäristöissä. Chipster sisältää tällä hetkellä lähes 100 analyysi- ja visualisointityökalua, ja työkaluvalikoimaa on helppo laajentaa.

Käyttäjä voi yhdistää ja automatisoida usein käyttämiään analyysityökaluja suuremmiksi kokonaisuuksiksi, tai käyttää Chipsterin sisältämiä valmiita analyysikokonaisuuksia.

Kommentit

    Näytä lisää

    Näitä luetaan!

    1. 1

      Emmerdalesta tuttu näyttelijä kihlautui Britannian väkivaltaisimman ja vaarallisimman vangin kanssa: ”Olen rakastunut häneen”

    2. 2

      Suomen valtiota ja tuhansia kotikoneita piinannut teinihakkeri vangittiin – petti poliisille antaman lupauksensa

    3. 3

      Martina Aitolehti huomannut huolestuttavan piirteen nuorissa naisissa: ”Eivät osaa mitään”

    4. 4

      Donald Trumpin Tiffany-tytär, 23, nolattiin muotitapahtumassa – kukaan ei halunnut istua vieressä: ”Ihmiset pakenivat”

    5. 5

      Nokialla pahoinpidelty 17-vuotias tyttö on kuollut

    6. 6

      Päätös on tehty: Kaisa Mäkäräinen ei osallistu Lahden MM-kisoihin

    7. 7

      8 asiaa, jotka seksikaupan työntekijät haluavat sinun tietävän

    8. 8

      Katso 360-kuva: Tällainen on Suomen kovimman vankilan eristysselli – ruokakin tarjoillaan lattialle

    9. 9

      Äiti ihmettelee, miksi kuollut poika saa yhä karhukirjeitä – ”Häntä uhataan oikeuden­käynneillä”

    10. 10

      Melrose Placesta tuttu Lisa Rinna, 53, julkaisi uskaliaan alastonkuvan – ”Naisvartalo on niin kaunis”

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Nokialla pahoinpidelty 17-vuotias tyttö on kuollut

    2. 2

      Poliisi Sastamalan kaksoissurmasta: Tekoa edelsi perheriita

    3. 3

      Donald Trumpin Tiffany-tytär, 23, nolattiin muotitapahtumassa – kukaan ei halunnut istua vieressä: ”Ihmiset pakenivat”

    4. 4

      194-senttisen suomalaisen teinitytön temppu hätkäytti NBA-leirillä – valmentaja: ”Häntä yritetään repiä joka paikkaan”

    5. 5

      Sastamalan surmakuskin vaimo hakee eroa

    6. 6

      Jumboksi jääneeltä Hanna Sumarilta kova purkaus TTK:sta – koki karvaan pettymyksen: ”Tulin tosi surulliseksi”

    7. 7

      Muistatko missä kävit eilen tai viime viikolla? Yksi verkkosivu tietää kaiken

    8. 8

      Taistelu potilaiden oikeuksista: Parantumattomasti sairas Jari, 54, aikoo vaarantaa terveytensä, jos hallitus ei peru päätöstään

    9. 9

      Vanhojen tanssien pukuloistoa – katso lukijoiden upeat kuvat juhlapuvuista!

    10. 10

      Äiti ihmettelee, miksi kuollut poika saa yhä karhukirjeitä – ”Häntä uhataan oikeuden­käynneillä”

    11. Näytä lisää
    1. 1

      Prisman kassamyyjä sai pyörätuolimiehen itkemään Helsingissä – jonossa ollut Jatta riensi apuun: ”Olin niin kiukkuinen”

    2. 2

      Tutkijat tekivät pelottavan löydön merenpohjasta 10 kilometrin syvyydestä

    3. 3

      MTV: Saara Aalto kärsii kiusallisesta ja kivuliaasta naistentaudista: ”Ei parannuskeinoa”

    4. 4

      Pekka Vähäsöyrinki tunnusti Mika Myllylän haudalla, milloin dopinginkäyttö alkoi: ”Siinä hetkessä annoin periksi”

    5. 5

      Nuori mies jäi kiinni pettämisestä nololla tavalla – typerä töppäys sosiaalisessa mediassa kavalsi

    6. 6

      Stubb opetti Trumpille faktoja Ruotsista – viesti sytytti kiivaan keskustelun

    7. 7

      Kanadan hurmuriministeri sai Ivanka Trumpin pasmat sekaisin – flirttaileva kuva leviää vauhdilla

    8. 8

      Vuosikymmeniä mietityttänyt arvoitus ratkesi – Harri Kirvesniemi kertoo, miksi hiihti aina pää kenossa

    9. 9

      Sunnuntailisät pois, työpäivän pituus 12 tuntiin? ”Tehdään työtä silloin, kun sitä on”

    10. 10

      Donald Trumpilta outo viittaus Ruotsiin: ”Katsokaa, mitä tapahtui eilen illalla Ruotsissa – kuka olisi uskonut?”

    11. Näytä lisää

    Näitä luetaan!

    1. 1

      Emmerdalesta tuttu näyttelijä kihlautui Britannian väkivaltaisimman ja vaarallisimman vangin kanssa: ”Olen rakastunut häneen”

    2. 2

      Suomen valtiota ja tuhansia kotikoneita piinannut teinihakkeri vangittiin – petti poliisille antaman lupauksensa

    3. 3

      Martina Aitolehti huomannut huolestuttavan piirteen nuorissa naisissa: ”Eivät osaa mitään”

    4. 4

      Donald Trumpin Tiffany-tytär, 23, nolattiin muotitapahtumassa – kukaan ei halunnut istua vieressä: ”Ihmiset pakenivat”

    5. 5

      Nokialla pahoinpidelty 17-vuotias tyttö on kuollut

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Nokialla pahoinpidelty 17-vuotias tyttö on kuollut

    2. 2

      Poliisi Sastamalan kaksoissurmasta: Tekoa edelsi perheriita

    3. 3

      Donald Trumpin Tiffany-tytär, 23, nolattiin muotitapahtumassa – kukaan ei halunnut istua vieressä: ”Ihmiset pakenivat”

    4. 4

      194-senttisen suomalaisen teinitytön temppu hätkäytti NBA-leirillä – valmentaja: ”Häntä yritetään repiä joka paikkaan”

    5. 5

      Sastamalan surmakuskin vaimo hakee eroa

    6. Näytä lisää
    1. 1

      Prisman kassamyyjä sai pyörätuolimiehen itkemään Helsingissä – jonossa ollut Jatta riensi apuun: ”Olin niin kiukkuinen”

    2. 2

      Tutkijat tekivät pelottavan löydön merenpohjasta 10 kilometrin syvyydestä

    3. 3

      MTV: Saara Aalto kärsii kiusallisesta ja kivuliaasta naistentaudista: ”Ei parannuskeinoa”

    4. 4

      Pekka Vähäsöyrinki tunnusti Mika Myllylän haudalla, milloin dopinginkäyttö alkoi: ”Siinä hetkessä annoin periksi”

    5. 5

      Nuori mies jäi kiinni pettämisestä nololla tavalla – typerä töppäys sosiaalisessa mediassa kavalsi

    6. Näytä lisää